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- PDB-8gjb: L-threonine 3-Dehydrogenase from Trypanosoma cruzi in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gjb
タイトルL-threonine 3-Dehydrogenase from Trypanosoma cruzi in complex with NAD and acetate
要素L-threonine 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / threonine / dehydrogenase / trypanossoma / NAD / complex / potassium
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine 3-dehydrogenase activity / L-threonine catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-threonine 3-dehydrogenase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Mercaldi, G.F. / Faria, J.N. / Fagundes, M. / Bezerra, E.H.S. / Cordeiro, A.T.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/22202-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2021/14741-9 ブラジル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Inhibition of L-threonine dehydrogenase from Trypanosoma cruzi reduces glycine and acetate production and interferes with parasite growth and viability.
著者: Faria, J.D.N. / Eufrasio, A.G. / Fagundes, M. / Lobo-Rojas, A. / Marchese, L. / de Lima Silva, C.C. / Bezerra, E.H.S. / Mercaldi, G.F. / Alborghetti, M.R. / Sforca, M.L. / Cordeiro, A.T.
履歴
登録2023年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine 3-dehydrogenase
B: L-threonine 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,92411
ポリマ－81,0072
非ポリマー1,9179
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.274, 82.733, 84.384
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.446, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L-threonine 3-dehydrogenase


分子量: 40503.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: Tc00.1047053507923.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4CU39, L-threonine 3-dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 294分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.3), 25% PEG 3350, 25% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→47.317 Å / Num. obs: 67241 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 3667 / CC1/2: 0.466 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→47.317 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.16 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 3192 4.918 %
Rwork0.1797 61706 -
all0.181 --
obs-64898 99.06 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.106 Å20 Å20.937 Å2
2---0.05 Å2-0 Å2
3----1.071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4971 0 124 285 5380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0125215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.6497079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8295636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.66121.44250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0415873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0511536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.22523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.23538
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0780.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2510.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1650.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9812.3412549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7553.4953179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.052.572666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4073.7233899
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.07932.6058074
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.7950.3351900.3224533X-RAY DIFFRACTION98.0079
1.795-1.8450.3321840.2954439X-RAY DIFFRACTION98.4245
1.845-1.8980.3241910.2624317X-RAY DIFFRACTION98.5355
1.898-1.9560.2622330.2424141X-RAY DIFFRACTION98.7359
1.956-2.0210.2682270.2224026X-RAY DIFFRACTION98.7233
2.021-2.0910.2381910.2073910X-RAY DIFFRACTION98.9862
2.091-2.170.2261920.1963808X-RAY DIFFRACTION99.0344
2.17-2.2590.2312280.1873619X-RAY DIFFRACTION99.1495
2.259-2.3590.2131670.1693546X-RAY DIFFRACTION99.3578
2.359-2.4740.2252230.1743281X-RAY DIFFRACTION99.4325
2.474-2.6080.212050.1683176X-RAY DIFFRACTION99.4704
2.608-2.7660.2171800.1653013X-RAY DIFFRACTION99.5635
2.766-2.9570.2121390.1742870X-RAY DIFFRACTION99.6688
2.957-3.1930.21400.1632656X-RAY DIFFRACTION99.7503
3.193-3.4980.1771240.1552443X-RAY DIFFRACTION99.8056
3.498-3.910.174910.1472258X-RAY DIFFRACTION99.6606
3.91-4.5130.13790.1351983X-RAY DIFFRACTION99.8064
4.513-5.5230.161110.1451648X-RAY DIFFRACTION99.7166
5.523-7.7940.19700.1931299X-RAY DIFFRACTION99.5636
7.794-47.3170.197270.166741X-RAY DIFFRACTION98.5879

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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