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- PDB-8gj5: fungal pcna and peptidomimetic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gj5
タイトルfungal pcna and peptidomimetic
要素
  • Proliferating cell nuclear antigen
  • THR-ASP-ILE-ARG-ASN-PHE-PHE-HIS-SER
キーワードREPLICATION / PCNA / proliferating cell nuclear antigen / replication protein
機能・相同性
機能・相同性情報


PCNA complex / myosin binding / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / endomembrane system / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Myosin-binding domain / Mysoin-binding motif of peroxisomes / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vandborg, B. / Bruning, J.B.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Not funded オーストラリア
引用ジャーナル: J Fungi / 年: 2023
タイトル: Towards a High-Affinity Peptidomimetic Targeting Proliferating Cell Nuclear Antigen from Aspergillus fumigatus.
著者: Vandborg, B.C. / Horsfall, A.J. / Pederick, J.L. / Abell, A.D. / Bruning, J.B.
履歴
登録2023年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
D: THR-ASP-ILE-ARG-ASN-PHE-PHE-HIS-SER
E: THR-ASP-ILE-ARG-ASN-PHE-PHE-HIS-SER
F: THR-ASP-ILE-ARG-ASN-PHE-PHE-HIS-SER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9536
ポリマ－90,9536
非ポリマー00
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area34410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.929, 96.976, 108.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen


分子量: 28221.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: CDV57_03149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A229Y5V5
#2: タンパク質・ペプチド THR-ASP-ILE-ARG-ASN-PHE-PHE-HIS-SER


分子量: 2096.485 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Tacsimate pH 4.0 0.1M Na Acetate, 16% PEG 3350 tray

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.49 Å / Num. obs: 39804 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 20.1 / Num. measured all: 540450
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 2.017 / Num. measured all: 51539 / Num. unique obs: 4085 / CC1/2: 0.616 / Rpim(I) all: 0.58 / Rrim(I) all: 2.101 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47.2 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 2021 5.09 %
Rwork0.239 --
obs0.2396 39732 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5873 0 0 144 6017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9228091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.158834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057998
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.38621360.35862614X-RAY DIFFRACTION99
2.36-2.420.32331450.32642676X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.490.30951540.30612636X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.570.33961280.31552670X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.670.37781600.31172646X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.770.31041680.3112666X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.90.29741440.2922672X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.050.30621380.28012681X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.240.25531290.26492687X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.25181480.24532703X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.840.23261250.22532713X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.40.21261480.20462743X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.540.22731630.18562727X-RAY DIFFRACTION100
5.54-47.20.20521350.22052877X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.523 Å / Origin y: 17.1581 Å / Origin z: 19.5856 Å
111213212223313233
T0.4295 Å20.0248 Å20.0278 Å2-0.2571 Å20.1084 Å2--0.3589 Å2
L0.9944 °2-0.1034 °2-0.2749 °2-0.5395 °20.6003 °2--1.0022 °2
S0.0962 Å °0.03 Å °0.0703 Å °-0.0359 Å °-0.0145 Å °-0.0296 Å °-0.096 Å °-0.0435 Å °-0.0713 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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