PDB-8gil: L-threonine 3-Dehydrogenase from Trypanosoma cruzi (apo form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gil

タイトル

L-threonine 3-Dehydrogenase from Trypanosoma cruzi (apo form)

要素

L-threonine 3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / threonine / dehydrogenase / trypanossoma / apo

機能・相同性

: / L-threonine 3-dehydrogenase activity / L-threonine catabolic process / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / : / L-threonine 3-dehydrogenase, putative

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Faria, J.N. / Mercaldi, G.F. / Fagundes, M. / Bezerra, E.H.S. / Cordeiro, A.T.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Inhibition of L-threonine dehydrogenase from Trypanosoma cruzi reduces glycine and acetate production and interferes with parasite growth and viability.
著者: Faria, J.D.N. / Eufrasio, A.G. / Fagundes, M. / Lobo-Rojas, A. / Marchese, L. / de Lima Silva, C.C. / Bezerra, E.H.S. / Mercaldi, G.F. / Alborghetti, M.R. / Sforca, M.L. / Cordeiro, A.T.

履歴

登録	2023年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gil.cif.gz	243.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gil.ent.gz	194 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gil.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gil_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gil_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8gil_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	8gil_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gil	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gjbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-threonine 3-dehydrogenase

B: L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

81.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.685, 81.834, 83.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.546, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-threonine 3-dehydrogenase 分子量: 40503.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: Tc00.1047053507923.10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4CU39, L-threonine 3-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.976 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.781 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate and 100 mM Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→46.73 Å / Num. obs: 36424 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Num. unique obs: 2927 / CC_1/2: 0.595 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→46.727 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2581	2004	5.51 %
R_work	0.1998	34365	-
all	0.203	-	-
obs	-	36369	98.719 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.969 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.286 Å²	0 Å²	1.531 Å²
2-	-	1.449 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.191 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.727 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4977	0	2	86	5065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5093
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	4779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.744	1.651	6903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.364	1.578	11099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.192	5	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.55	21.44	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.344	15	875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.416	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.235	0.2	4581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.05	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.227	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.384	3.353	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.383	3.351	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.527	5.019	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.526	5.021	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.141	3.52	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.141	3.52	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.567	5.168	3719
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.565	5.168	3719
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.577	39.246	5786
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.559	39.235	5773

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.154	0.312	144	0.29	2508	X-RAY DIFFRACTION	98.368
2.154-2.213	0.343	187	0.294	2436	X-RAY DIFFRACTION	98.461
2.213-2.278	0.492	111	0.428	2320	X-RAY DIFFRACTION	96.5449
2.278-2.348	0.285	153	0.255	2349	X-RAY DIFFRACTION	98.9324
2.348-2.425	0.267	176	0.223	2215	X-RAY DIFFRACTION	99.0062
2.425-2.51	0.272	129	0.207	2164	X-RAY DIFFRACTION	99.0069
2.51-2.604	0.251	110	0.204	2158	X-RAY DIFFRACTION	98.9961
2.604-2.71	0.258	131	0.19	2028	X-RAY DIFFRACTION	99.2188
2.71-2.831	0.287	101	0.186	1964	X-RAY DIFFRACTION	99.1835
2.831-2.969	0.273	125	0.205	1851	X-RAY DIFFRACTION	99.2466
2.969-3.129	0.264	84	0.196	1827	X-RAY DIFFRACTION	99.2212
3.129-3.319	0.276	84	0.19	1704	X-RAY DIFFRACTION	99.0582
3.319-3.548	0.212	75	0.178	1593	X-RAY DIFFRACTION	98.8152
3.548-3.831	0.272	80	0.179	1454	X-RAY DIFFRACTION	98.0192
3.831-4.196	0.217	67	0.163	1384	X-RAY DIFFRACTION	99.0444
4.196-4.69	0.173	60	0.144	1265	X-RAY DIFFRACTION	99.3253
4.69-5.412	0.191	54	0.158	1085	X-RAY DIFFRACTION	99.476
5.412-6.622	0.26	59	0.192	934	X-RAY DIFFRACTION	99.2008
6.622-9.336	0.195	47	0.155	722	X-RAY DIFFRACTION	98.9704
9.336-46.727	0.247	27	0.175	405	X-RAY DIFFRACTION	97.7376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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