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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gic | |||||||||
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タイトル | A1 Tei + Hpg: Adenylation domain 1 core construct from teicoplanin biosynthesis; 4-hydroxyphenylglycine bound | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / AMP-binding enzyme / NRPS / Adenylation domain (アデニリル化) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 siderophore biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Hansen, M.H. / Cryle, M.J. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Resurrecting ancestral antibiotics: unveiling the origins of modern lipid II targeting glycopeptides. 著者: Hansen, M.H. / Adamek, M. / Iftime, D. / Petras, D. / Schuseil, F. / Grond, S. / Stegmann, E. / Cryle, M.J. / Ziemert, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gic.cif.gz | 433.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gic.ent.gz | 288.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gic.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/8gic | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42084.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア) 遺伝子: tcp9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70AZ9 #2: タンパク質 | 分子量: 7636.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア) 遺伝子: tcp13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70AZ5 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 % / 解説: Cuboid |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MMT (L-Malic acid, MES and Tris in a ratio of 1:2:2), pH 6 and 25% w/v PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→44.15 Å / Num. obs: 114836 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 21.43 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02163 / Rpim(I) all: 0.02163 / Net I/σ(I): 14.32 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.699 Å / Rmerge(I) obs: 0.3679 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 11325 / CC1/2: 0.767 / Rpim(I) all: 0.3679 / % possible all: 99.97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AMU 解像度: 1.64→44.15 Å / SU ML: 0.1885 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7051 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→44.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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