+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ggg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RNase A-Adenosine 5'-Hexaphosphate (RNaseA.p6A) | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / RNase A / oligophosphate / inhibitor / nucleoside hexaphosphate / protein-ligand complex / RNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Park, G. / Cummins, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Experimental and Computational Studies for the Effect of Lengthening the Phosphate Chain of Nucleotide on the RNase A Inhibitiors. 著者: Park, G. / Cummins, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ggg.cif.gz | 140.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ggg.ent.gz | 92.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ggg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ggg_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8ggg_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ggg_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ggg_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/8ggg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/8ggg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1afuS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease #2: 化合物 | タイプ: RNA linking / 分子量: 747.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H19N5O22P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG4000, 20 mM citrate, pH 6, crystal soaked in 50 mM ligand, 30% PEG4000, 25% glycerol, 20 mM citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.544178 Å |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年1月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.544178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→32.8 Å / Num. obs: 19686 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.81 % / Biso Wilson estimate: 25.31 Å2 / Rpim(I) all: 0.0403 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.96 Å / Num. unique obs: 237379 / Rpim(I) all: 0.3069 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1AFU 解像度: 1.86→32.8 Å / SU ML: 0.2959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8768 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→32.8 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -25.027428809 Å / Origin y: -13.4313136785 Å / Origin z: 17.3709069275 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |