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- PDB-8gfb: Crystal structure of soluble lytic transglycosylase Cj0843 of Cam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gfb
タイトルCrystal structure of soluble lytic transglycosylase Cj0843 of Campylobacter jejuni in complex with Fv16b inhibitor
要素Lytic transglycosylase domain-containing protein
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / soluble lytic transglycosylase / inhibitor / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic transglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-ZG9 / Lytic transglycosylase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者van den Akker, F. / Kumar, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R21AI148875 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Exploring the inhibition of the soluble lytic transglycosylase Cj0843c of Campylobacter jejuni via targeting different sites with different scaffolds.
著者: Kumar, V. / Boorman, J. / Greenlee, W.J. / Zeng, X. / Lin, J. / van den Akker, F.
履歴
登録2023年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年7月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_validate_planes
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_planes
Item: _pdbx_validate_planes.type
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lytic transglycosylase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4076
ポリマ－63,6451
非ポリマー7625
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.755, 176.755, 176.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-714-

HOH

21A-861-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lytic transglycosylase domain-containing protein / Transglycosylase SLT domain-containing protein


分子量: 63644.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: A0X18_03655, A0X31_01845, A9372_04065, APU74_07480, B1933_07625, BBS05_05650, BCB47_05730, BED64_07690, C3I22_05260, C3I27_06990, C3I35_05175, C7N26_08315, CJ274_08505, CV323_05370, CWD74_ ...遺伝子: A0X18_03655, A0X31_01845, A9372_04065, APU74_07480, B1933_07625, BBS05_05650, BCB47_05730, BED64_07690, C3I22_05260, C3I27_06990, C3I35_05175, C7N26_08315, CJ274_08505, CV323_05370, CWD74_05755, D0W34_08355, D4Q41_06000, D5I02_03510, D6H33_08420, DPG08_07275, DUX97_06720, DUY05_08000, DWS06_05135, DYE84_06365, E7R20_02805, EAX31_05720, EC071_05580, F0166_06250, F6982_06065, F7521_08930, F7J47_05300, F7U05_05765, F8803_06810, F9778_04965, FCR67_06545, FPD29_09025, FPT92_05795, FV831_05555, FV933_07400, FVI24_07230, FVM64_02425, FVM77_01160, FW220_07595, FW611_08035, FW976_03985, FWA25_07655, FY101_03890, FZ445_05005, FZ878_07970, FZW01_06295, G3M94_001083, GAX22_07420, GCI37_01695, GI172_07425, GIT96_06475, GJ442_07755, GK482_04850, GK486_00445, GL007_04270, GL031_07375, GM780_07860, GMG42_07100, GN862_07225, GNO13_05645, GNO32_03000, GPD80_07165, GRH33_07480, GRM82_06860, GRO30_05060, GRS20_08245, GSH24_05325, GTJ31_06080, GTV40_06285, GTV58_05620, GWW45_06140, GY415_000965, GZ489_001419, GZ499_001624, GZ502_000976, GZ518_001219
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3I4HTM2
#2: 化合物 ChemComp-ZG9 / [(2S)-1,4-dioxan-2-yl]methyl 2-acetamido-2-deoxy-6-O-methyl-beta-D-glucopyranoside


分子量: 335.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.9 and 26% (v/v) PEG 600. Protein buffer was 10 mM HEPES pH 8.0, 200 mM ammonium acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→37.68 Å / Num. obs: 48456 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 499588 / Scaling rejects: 109
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.17-2.24101.5334165941860.6680.5081.6161.699.1
8.95-37.6810.10.05375127420.9970.0170.05617.798.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0349精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CF9

6cf9


解像度: 2.17→37.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.683 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 2420 5 %RANDOM
Rwork0.1799 ---
obs0.1819 45956 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 176.2 Å2 / Biso mean: 49.792 Å2 / Biso min: 30.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→37.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4259 0 48 184 4491
Biso mean--67.31 48.89 -
残基数----514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0124406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0164044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.6445943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5181.5599460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0285513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.5031017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.12610810
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02878
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.226 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 134 -
Rwork0.258 3321 -
all-3455 -
obs--97.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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