PDB-8gf8: Cryo-EM structure of human TRPV1 in cNW11 nanodisc and soybean lipids

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gf8

タイトル

Cryo-EM structure of human TRPV1 in cNW11 nanodisc and soybean lipids

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / transient receptor potential V family member 1 / vanilloid / TRP / apo / human / channel / TRPV1 / TRP channels / pain / cNW11 / nanodiscs / thermo-TRP / temperature sensation

機能・相同性

機能・相同性情報

chemosensory behavior / temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / cellular response to temperature stimulus / cellular response to acidic pH ...chemosensory behavior / temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / cellular response to temperature stimulus / cellular response to acidic pH / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception / thermoception / negative regulation of systemic arterial blood pressure / glutamate secretion / chloride channel regulator activity / dendritic spine membrane / TRP channels / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / negative regulation of heart rate / cellular response to ATP / cellular response to alkaloid / calcium ion import across plasma membrane / behavioral response to pain / diet induced thermogenesis / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / intracellularly gated calcium channel activity / negative regulation of mitochondrial membrane potential / voltage-gated calcium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / phosphoprotein binding / calcium ion transmembrane transport / microglial cell activation / calcium channel activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / cell surface receptor signaling pathway / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Neuberger, A. / Nadezhdin, K.D. / Sobolevsky, A.I.

資金援助

米国,

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01 CA206573	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	R01 NS083660	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	R01 NS107253	米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)	R01 AR078814	米国
German Research Foundation (DFG)	464295817	ドイツ

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Human TRPV1 structure and inhibition by the analgesic SB-366791.
著者: Arthur Neuberger / Mai Oda / Yury A Nikolaev / Kirill D Nadezhdin / Elena O Gracheva / Sviatoslav N Bagriantsev / Alexander I Sobolevsky /

要旨: Pain therapy has remained conceptually stagnant since the opioid crisis, which highlighted the dangers of treating pain with opioids. An alternative addiction-free strategy to conventional painkiller- ...

履歴

登録	2023年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gf8.cif.gz	979.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gf8.ent.gz	818.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gf8_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gf8_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8gf8_validation.xml.gz	90.3 KB	表示
CIF形式データ	8gf8_validation.cif.gz	123.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/8gf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/8gf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	29981MC 29982C 29983C 8gf9C 8gfaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (4) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

ヘテロ分子

529 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 / TrpV1 / Capsaicin receptor / Osm-9-like TRP channel 1 / OTRPC1 / Vanilloid receptor 1 分子量: 124575.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPV1, VR1 / プラスミド: pEG BacMam / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): suspension-adapted cells / 参照: UniProt: Q8NER1
#2: 化合物	... ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC 分子量: 760.076 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-8IJ / (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-myo-イノシト-ル分子量: 867.138 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₈₇O₁₃P
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: sample 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.09497 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Human embryonic kidney 293 / プラスミド: pEG BacMam

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	20 mM	tris(hydroxymethyl)aminomethane		1
3	1 mM	beta-Mercaptoethanol		1

試料

濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: human TRPV1 reconstituted in cNW11 lipid nanodisc (soybean lipid extract)

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	平均露光時間: 2.8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19303
画像スキャン	横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 8994098

3次元再構成

解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 323292 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

空間: REAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.005	46236
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.913	84076
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	12.658	18448
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.044	3244
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	6404

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)