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- PDB-8gf3: Crystallographic structure from BlMan5_7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gf3
タイトルCrystallographic structure from BlMan5_7
要素GH5 Mannanase
キーワードHYDROLASE / Mannanase / GH5 / Glycosil Hydrolase
機能・相同性Mannan endo-1,4-beta-mannosidase-like / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / Glycoside Hydrolase family 5
機能・相同性情報
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Briganti, L. / Araujo, E.A. / Polikarpov, I.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)306852/2021-7 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2021/08780-1 ブラジル
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Unravelling biochemical and structural features of Bacillus licheniformis GH5 mannanase using site-directed mutagenesis and high-resolution protein crystallography studies.
著者: Briganti, L. / Manzine, L.R. / de Mello Capetti, C.C. / de Araujo, E.A. / de Oliveira Arnoldi Pellegrini, V. / Guimaraes, F.E.G. / de Oliveira Neto, M. / Polikarpov, I.
履歴
登録2023年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年7月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH5 Mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7886
ポリマ－42,2981
非ポリマー4915
水9,026501
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.722, 164.744, 84.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

21A-699-

HOH

31A-871-

HOH

41A-887-

HOH

51A-940-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GH5 Mannanase / Glycoside Hydrolase family 5


分子量: 42297.879 Da / 分子数: 1 / 変異: C391S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: celD, BL01229 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65JI6
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 1.35502 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.35502 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→46.8 Å / Num. obs: 102950 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 12.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.01881 / Net I/σ(I): 20.64
反射 シェル解像度: 1.3→1.346 Å / Num. unique obs: 9970 / CC1/2: 0.917 / Rpim(I) all: 0.1833

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158-000精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→46.8 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1502 5140 4.99 %
Rwork0.1278 --
obs0.1289 102950 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2909 0 0 501 3410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0163449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4544686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.483504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.310.21571450.18982826X-RAY DIFFRACTION87
1.31-1.330.21851700.163223X-RAY DIFFRACTION99
1.33-1.340.17091480.14583243X-RAY DIFFRACTION100
1.34-1.360.18751620.13673247X-RAY DIFFRACTION100
1.36-1.380.17381640.12733230X-RAY DIFFRACTION100
1.38-1.40.16971910.11673225X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.420.15431660.11093279X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.440.15031630.11053244X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.460.16841720.11133266X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.480.15462100.10883220X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.510.14281800.09913222X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.540.13971610.0983257X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.570.12691520.09533266X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.60.131600.13274X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.630.13731750.10173237X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.670.1351700.10553285X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.710.1341690.1113256X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.760.16321670.11193264X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.810.171540.11553299X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.870.16111830.11853273X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.940.14891790.12533233X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.010.14751650.12223273X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.110.14641740.12133301X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.220.14971750.11923303X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.360.13291660.12413296X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.540.15071740.13543295X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.790.15731840.1443292X-RAY DIFFRACTION100
2.79-3.20.15671800.14763342X-RAY DIFFRACTION100
3.2-4.030.14211830.12913351X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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