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- PDB-8gew: H-FABP crystal soaked in a bromo palmitic acid solution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gew
タイトルH-FABP crystal soaked in a bromo palmitic acid solution
要素Fatty acid-binding protein, heart
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / H-FABP / Br-Palmitic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport ...positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-Bromopalmitic acid / OLEIC ACID / Fatty acid-binding protein, heart
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Alvarez, A. / Espinosa, Y. / Podjarny, A. / Mitschler, A. / Carlevaro, M.
資金援助 アルゼンチン, 1件
組織認可番号国
National Scientific and Technical Research Council (CONICET)22920180100010 CO アルゼンチン
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Lipid exchange in crystal-confined fatty acid binding proteins: X-ray evidence and molecular dynamics explanation.
著者: Alvarez, H.A. / Cousido-Siah, A. / Espinosa, Y.R. / Podjarny, A. / Carlevaro, C.M. / Howard, E.
履歴
登録2023年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02024年4月17日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nonpoly_scheme / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.calc_flag ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.calc_flag / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine_hist.d_res_high / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_chi_squared

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4263
ポリマ－14,8081
非ポリマー6182
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.736, 54.966, 70.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, heart / Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived ...Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived growth inhibitor / MDGI / Muscle fatty acid-binding protein / M-FABP


分子量: 14807.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP3, FABP11, MDGI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05413
#2: 化合物 ChemComp-J1W / 2-Bromopalmitic acid / (R)-2-ブロモヘキサデカン酸


分子量: 335.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H31BrO2
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris pH 7.5, 20-25% polyethylene glycol (PEG) 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.72932 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.72932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→43.41 Å / Num. obs: 77518 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 0.97→0.99 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.97→30.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.581 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.153 3816 4.927 %
Rwork0.135 --
obs-77448 99.3 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 8.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.189 Å20 Å20 Å2
2---0.154 Å20 Å2
3----0.035 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→30.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 39 235 1310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0121269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0161292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.6731721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7461.6183022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2535169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.0856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85410253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3810.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1390.239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7640.802606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7570.801606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0361.448769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0441.449770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9210.993663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.920.993664
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2521.741940
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2521.742941
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.49432561
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 0.97→1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 278 -
Rwork0.245 5320 -
obs--98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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