PDB-8gek: Dihydrodipicolinate synthase with pyruvate from Candidatus Liberi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gek

タイトル

Dihydrodipicolinate synthase with pyruvate from Candidatus Liberibacter solanacearum

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE / TIM Barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Liberibacter solanacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Gilkes, J.M. / Frampton, R.A. / Board, A. / Sheen, C.R. / Smith, G.R. / Dobson, R.C.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dihydrodipicolinate synthase with pyruvate from the plant pathogen, Candidatus Liberibacter solanacearum
著者: Gilkes, J.M. / Frampton, R.A. / Board, A. / Sheen, C.R. / Smith, G.R. / Dobson, R.C.J.

履歴

登録	2023年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gek.cif.gz	637.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gek.ent.gz	535.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gek.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gek_validation.pdf.gz	468.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gek_full_validation.pdf.gz	483 KB	表示
XML形式データ	8gek_validation.xml.gz	70.9 KB	表示
CIF形式データ	8gek_validation.cif.gz	101.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/8gek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/8gek	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7loyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

192 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.112, 132.920, 154.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-371- HOH

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 分子量: 32038.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Liberibacter solanacearum (バクテリア) 遺伝子: dapA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F4VK59
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystallization trials used the sitting drop vapour diffusion method, at 20 C, with droplets consisting of 150 nL of protein solution and 150 nL of reservoir solution. Rectangular CLsoDHDPS ...詳細: Crystallization trials used the sitting drop vapour diffusion method, at 20 C, with droplets consisting of 150 nL of protein solution and 150 nL of reservoir solution. Rectangular CLsoDHDPS crystals were produced using the JCSG+ Suite screen in condition A2 (20% w/v polyethylene glycol 3000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5). For ligand bound structures, the crystals were soaked for 7 days in mother liquor with either: 100 mM lysine, 100 mM pyruvate or 100 mM of both succinic semi-aldehyde and pyruvate.

結晶

マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallization trials used the sitting drop vapour diffusion method, at 20 C, with droplets consisting of 150 nL of protein solution and 150 nL of reservoir solution. Rectangular CLsoDHDPS ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→45.81 Å / Num. obs: 151510 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.94 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / Num. unique obs: 6831 / CC_1/2: 0.468

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.93→45.81 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2247	4544	3 %
R_work	0.1851	-	-
obs	0.1864	151353	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→45.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13476	0	0	969	14445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.884	1934
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.241	2162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2426

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.95	0.4299	146	0.3997	4245	X-RAY DIFFRACTION	87
1.95-1.97	0.3532	166	0.3474	4817	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-1.99	0.3535	138	0.3386	4944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.3244	123	0.3076	4949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.3439	157	0.301	4872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.3391	138	0.2888	4888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.3011	145	0.2604	4925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2665	145	0.2478	4917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2862	146	0.249	4860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.2	0.2887	158	0.2355	4929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.24	0.2776	153	0.2318	4941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.259	148	0.2159	4846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.33	0.2564	158	0.2002	4915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.37	0.2446	161	0.1948	4918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.43	0.2377	160	0.1901	4877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.48	0.2336	149	0.1867	4906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.54	0.2249	129	0.1835	4973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.61	0.2442	161	0.1879	4893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.69	0.255	144	0.1852	4907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.78	0.212	171	0.1811	4908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.88	0.2554	157	0.1812	4923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.99	0.2641	152	0.1929	4921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.13	0.2502	137	0.1964	4907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.29	0.2441	143	0.1998	4910	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.5	0.2295	152	0.1753	4962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.77	0.1998	137	0.1621	4934	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.15	0.1849	172	0.143	4927	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.75	0.1541	153	0.1231	4939	X-RAY DIFFRACTION	100
4.75-5.98	0.1524	170	0.1437	4977	X-RAY DIFFRACTION	100
5.98-45.81	0.1849	175	0.1557	4979	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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