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- PDB-8ge0: Crystal structure of JADE1 PZP domain in complex with Histone H3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ge0
タイトルCrystal structure of JADE1 PZP domain in complex with Histone H3
要素Histone H3.1,Protein Jade-1
キーワードTRANSCRIPTION / histone acetylation / transcription activation / Nucleosome / pVHL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of DNA replication / histone acetyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of DNA replication / histone acetyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ciliary basal body / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / regulation of cell growth / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / HDMs demethylate histones / negative regulation of cell growth / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / cadherin binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Jade-1, PHD finger / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. ...Jade-1, PHD finger / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Protein Jade-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Klein, B.J. / Liu, J. / Kutateladze, T.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Guiding the HBO1 complex function through the JADE subunit.
著者: Gaurav, N. / Kanai, A. / Lachance, C. / Cox, K.L. / Liu, J. / Grzybowski, A.T. / Saksouk, N. / Klein, B.J. / Komata, Y. / Asada, S. / Ruthenburg, A.J. / Poirier, M.G. / Cote, J. / Yokoyama, A. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2023年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.1,Protein Jade-1
B: Histone H3.1,Protein Jade-1
C: Histone H3.1,Protein Jade-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,40618
ポリマ－62,4243
非ポリマー98115
水1,856103
1
A: Histone H3.1,Protein Jade-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1356
ポリマ－20,8081
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone H3.1,Protein Jade-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1356
ポリマ－20,8081
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone H3.1,Protein Jade-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1356
ポリマ－20,8081
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.160, 78.160, 222.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 7 or resid 18...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 7 or resid 18...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 18 or resid 20...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAALAA1 - 7
d_12ens_1ASPASPA18
d_13ens_1ASPCYSA20 - 64
d_14ens_1THRPROA66 - 79
d_15ens_1LYSTHRA81 - 88
d_16ens_1SERTHRA90 - 92
d_17ens_1TRPGLUA94 - 112
d_18ens_1METALAA114 - 171
d_19ens_1GLUSERA175 - 187
d_21ens_1ALAALAG1 - 7
d_22ens_1ASPASPG18
d_23ens_1ASPCYSG20 - 64
d_24ens_1THRPROG66 - 79
d_25ens_1LYSTHRG81 - 88
d_26ens_1SERTHRG90 - 92
d_27ens_1TRPGLUG94 - 112
d_28ens_1METALAG114 - 171
d_29ens_1GLUSERG175 - 187
d_31ens_1ALAASPM1 - 8
d_32ens_1ASPCYSM10 - 54
d_33ens_1THRPROM56 - 69
d_34ens_1LYSTHRM71 - 78
d_35ens_1SERTHRM80 - 82
d_36ens_1TRPGLUM84 - 102
d_37ens_1METALAM104 - 161
d_38ens_1GLUSERM165 - 177

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00486955961082, 0.999571889033, -0.028850061408), (0.500468832975, -0.0274133464642, -0.865320435247), (-0.865740858808, -0.0102248271222, -0.500388067704)-9.73762641617, 170.941620985, 170.312148506
2given(-0.023418126049, 0.99971280532, 0.00508903239865), (-0.494389613069, -0.00715629077345, -0.869210962881), (-0.868924911521, -0.0228712566504, 0.494415213922)-25.2984977113, 169.943432368, 67.2666576969

-
要素

#1: タンパク質 Histone H3.1,Protein Jade-1


分子量: 20808.127 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, ...遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J, JADE1, KIAA1807, PHF17
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68431, UniProt: Q6IE81
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.27819 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.51 Å / Num. obs: 28040 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39.8 % / Biso Wilson estimate: 46.4 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 2849 / Rpim(I) all: 0.388

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→49.51 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.5877
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 1371 4.9 %
Rwork0.2069 26582 -
obs0.2086 27953 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4180 0 15 103 4298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00344267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6475759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0506641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.45411586
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.757586061735
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.558010914085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.490.3211260.2722571X-RAY DIFFRACTION99.15
2.49-2.590.31251320.24812603X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.70.29391360.23452621X-RAY DIFFRACTION99.93
2.7-2.850.29161500.24162581X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.020.33651190.25712657X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.260.27771550.22492629X-RAY DIFFRACTION99.96
3.26-3.580.25421280.21252646X-RAY DIFFRACTION99.96
3.59-4.10.22521330.192680X-RAY DIFFRACTION100
4.1-5.170.19081420.16982707X-RAY DIFFRACTION100
5.17-49.510.2071500.1972887X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5718197447420.08886241331260.02313589610830.3217308251880.1899279327970.359885526963-0.00244906204508-0.07085137939130.162765330633-0.1999688349450.181653250606-0.261472308758-0.3158370573160.2611228038921.93455134881E-50.418769234529-0.0630831141030.07548904536030.307216991642-0.03333135090030.26047145505452.610047934356.693347754789.7131035332
20.3176485232760.0569423105612-0.07645333704230.02335238067810.05344779470.251421497659-0.198054052023-0.01936593801410.168863652243-0.1032888518490.006344328330350.0604235697969-0.424060552284-0.0477970736944-0.0001815380459030.4536899036550.0208011708983-0.01119114745260.3040204598930.01305622011440.33207579932636.967295562357.832500670386.3850343373
30.6466577563130.04829164303850.4273756519620.783004955117-0.2561815065990.3800549316710.1879504852530.329618600113-0.107911825608-0.1963338541620.003825326867980.166279044479-0.438574232636-0.4370542181670.004631772530430.3596964842830.008445948115640.00474616175730.3092250998790.04364631391720.30193648610333.020938990349.506313806685.0923754042
41.031145208960.5044987572790.3703256614060.7844711889260.06648379073580.435238998370.113928434542-0.109843652436-0.5347342471450.00920143341112-0.310810685918-0.217485113794-0.03063857769080.263747008698-0.00148603631220.258290893254-0.0268363980186-0.004526710346320.3804361173670.0686213952420.34658775204837.555312263140.700213619594.4371598478
50.0420133383682-0.06596804773720.03521187829220.0918797095568-0.03280464732020.03535495841580.06208774529680.130406646465-0.090541149241-0.62223264807-0.6450828301830.444944736119-0.349664376841-0.128709700934-0.0003144608456970.5513691500740.145184041866-0.07828119868510.524645528632-0.05401033633610.51316863855525.716072809888.4951420864117.470107153
60.07195421908090.0319182259404-0.0007214089587960.0677994712162-0.03947604594570.03529529023430.152087908313-0.2516799498150.276348728301-0.0924803853671-0.3730480693860.01847804852360.166403622263-0.16789275268-0.0003849487256520.545759769744-0.000158371797640.0827291191510.376639412026-0.03735810417750.36353623312434.346382623779.0458999428116.692924036
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 20 through 69 )CM20 - 6910 - 59
22chain 'C' and (resid 70 through 102 )CM70 - 10260 - 92
33chain 'C' and (resid 103 through 139 )CM103 - 13993 - 129
44chain 'C' and (resid 140 through 187 )CM140 - 187130 - 177
55chain 'A' and (resid 1 through 20 )AA1 - 201 - 20
66chain 'A' and (resid 21 through 39 )AA21 - 3921 - 39
77chain 'A' and (resid 40 through 73 )AA40 - 7340 - 73
88chain 'A' and (resid 74 through 87 )AA74 - 8774 - 87
99chain 'A' and (resid 88 through 102 )AA88 - 10288 - 102
1010chain 'A' and (resid 103 through 139 )AA103 - 139103 - 139
1111chain 'A' and (resid 140 through 170 )AA140 - 170140 - 170
1212chain 'A' and (resid 171 through 188 )AA171 - 188171 - 188
1313chain 'B' and (resid 1 through 20 )BG1 - 201 - 20
1414chain 'B' and (resid 21 through 64 )BG21 - 6421 - 64
1515chain 'B' and (resid 65 through 122 )BG65 - 12265 - 122
1616chain 'B' and (resid 123 through 171 )BG123 - 171123 - 171
1717chain 'B' and (resid 174 through 187 )BG174 - 187174 - 187
1818chain 'C' and (resid 1 through 19 )CM1 - 191 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る