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万見
- PDB-8gdx: Crystal structure of JADE1 PZP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gdx
タイトルCrystal structure of JADE1 PZP domain
要素Protein Jade-1
キーワードTRANSCRIPTION / histone acetylation / transcription activation / Nucleosome / pVHL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of DNA replication / histone acetyltransferase complex / ciliary basal body / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell growth / HATs acetylate histones / transcription coactivator activity ...regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of DNA replication / histone acetyltransferase complex / ciliary basal body / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell growth / HATs acetylate histones / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / chromatin remodeling / centrosome / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Jade-1, PHD finger / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. ...Jade-1, PHD finger / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Klein, B.J. / Liu, J. / Kutateladze, T.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Guiding the HBO1 complex function through the JADE subunit.
著者: Gaurav, N. / Kanai, A. / Lachance, C. / Cox, K.L. / Liu, J. / Grzybowski, A.T. / Saksouk, N. / Klein, B.J. / Komata, Y. / Asada, S. / Ruthenburg, A.J. / Poirier, M.G. / Cote, J. / Yokoyama, A. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2023年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Jade-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7118
ポリマ－19,1991
非ポリマー5117
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.439, 81.439, 81.439
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-507-

HOH

21A-513-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein Jade-1 / Jade family PHD finger protein 1 / PHD finger protein 17


分子量: 19199.365 Da / 分子数: 1 / 断片: PZP domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JADE1, KIAA1807, PHF17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IE81
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→28.79 Å / Num. obs: 4947 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.74→2.79 Å / 冗長度: 5 % / Num. unique obs: 230 / Rpim(I) all: 0.298 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ERC

5erc


解像度: 2.74→28.79 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2687 229 4.67 %
Rwork0.2198 4679 -
obs0.2222 4908 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.71 Å2 / Biso mean: 46.4169 Å2 / Biso min: 15.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.74→28.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1256 0 33 13 1302
Biso mean--78.78 45.17 -
残基数----165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.74-3.450.35491070.2575229299
3.45-28.790.23711220.20552387100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03170.53371.63953.4627-0.44243.4306-0.0609-0.51030.04570.1518-0.10150.2254-0.1614-0.55950.18960.27420.0371-0.00470.3649-0.00430.23573.9296-26.76268.2458
22.46870.94351.86993.0149-0.79482.39080.4718-0.0841-0.54720.3345-0.30620.02680.20850.083-0.09030.2594-0.093-0.03690.40640.03430.38117.6559-16.668810.4349
31.9139-0.4406-0.56292.9027-0.71122.62860.4680.202-0.6527-0.1109-0.30940.36440.25470.1714-0.15120.3044-0.0253-0.08130.41540.00910.339916.3047-19.95540.1901
42.854-0.60330.0525.3899-0.97232.45030.0940.14680.298-0.0862-0.3764-0.6267-0.2190.30920.27550.29-0.091-0.0520.44870.0750.371218.4449-9.6097-1.9498
54.52450.2672-0.70023.93140.19353.69380.02670.1705-0.0567-0.1171-0.11720.0746-0.05020.18960.0560.17770.0424-0.0060.3872-0.01580.30777.4734-8.9848-4.5297
60.3596-0.6766-0.65991.81590.09053.69910.12960.4693-0.76390.188-0.0734-0.4596-0.1875-0.1137-0.02010.2081-0.0441-0.08030.53660.00490.71867.2263-12.2343-12.1492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 203 through 252 )A203 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 253 through 276 )A253 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 277 through 295 )A277 - 295
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 296 through 332 )A296 - 332
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 333 through 353 )A333 - 353
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 354 through 369 )A354 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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