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- PDB-8gdv: Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gdv
タイトルStructure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with CPSF6 peptide and IP6
要素
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
  • Gag polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 capsid / IP6 / CPSF6
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding ...viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Briganti, L. / Schope, L. / Kvaratskhelia, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI157802 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI162665 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Structural and mechanistic bases for resistance of the M66I capsid variant to lenacapavir.
著者: Briganti, L. / Annamalai, A.S. / Bester, S.M. / Wei, G. / Andino-Moncada, J.R. / Singh, S.P. / Kleinpeter, A.B. / Tripathi, M. / Nguyen, B. / Radhakrishnan, R. / Singh, P.K. / Greenwood, J. / ...著者: Briganti, L. / Annamalai, A.S. / Bester, S.M. / Wei, G. / Andino-Moncada, J.R. / Singh, S.P. / Kleinpeter, A.B. / Tripathi, M. / Nguyen, B. / Radhakrishnan, R. / Singh, P.K. / Greenwood, J. / Schope, L.I. / Haney, R. / Huang, S.-W. / Freed, E.O. / Engelman, A.N. / Francis, A.C. / Kvaratskhelia, M.
履歴
登録2023年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein
B: Gag polyprotein
C: Gag polyprotein
D: Gag polyprotein
E: Gag polyprotein
F: Gag polyprotein
M: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
N: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
O: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
P: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
Q: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
R: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,28414
ポリマ－161,96412
非ポリマー1,3202
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Hexamer confirmed by SEC and PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22790 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area57470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.172, 133.172, 205.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Gag polyprotein


分子量: 25443.234 Da / 分子数: 6 / 変異: A14C, E45C, W184A, M185A, M66I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D2ECD8
#2: タンパク質・ペプチド
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6


分子量: 1550.796 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M Tris hydrochloride, 11% PEG 8000, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2022年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→47.88 Å / Num. obs: 27382 / % possible obs: 95.37 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 71.48 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.1312 / Net I/σ(I): 6.56
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 2733 / CC1/2: 0.798 / % possible all: 97.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SNQ

7snq


解像度: 3.3→47.88 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3473 1354 4.98 %
Rwork0.3075 --
obs0.3094 27176 95.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9834 0 72 0 9906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54414042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3241412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041821
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.420.48131520.42912565X-RAY DIFFRACTION97
3.42-3.550.35671510.38992559X-RAY DIFFRACTION97
3.55-3.720.5111290.49492443X-RAY DIFFRACTION92
3.72-3.910.47641310.43312534X-RAY DIFFRACTION95
3.91-4.160.31561460.30632610X-RAY DIFFRACTION97
4.16-4.480.30671210.2742579X-RAY DIFFRACTION96
4.48-4.930.27911270.26062613X-RAY DIFFRACTION96
4.93-5.640.29021310.27812590X-RAY DIFFRACTION96
5.64-7.10.36651320.29632635X-RAY DIFFRACTION95
7.1-47.880.281340.21392694X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.6463 Å / Origin y: 19.7585 Å / Origin z: 46.6826 Å
111213212223313233
T0.538 Å2-0.2194 Å2-0.0845 Å2-0.5014 Å20.1374 Å2--0.6409 Å2
L0.5775 °2-0.2519 °2-0.005 °2-0.8961 °2-0.3102 °2--2.5284 °2
S0.0987 Å °-0.1687 Å °-0.0792 Å °0.2527 Å °-0.2511 Å °-0.2099 Å °-0.4003 Å °0.0115 Å °0.1137 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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