PDB-8gdl: Acid phosphatase pseudoenzyme from flea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gdl

タイトル

Acid phosphatase pseudoenzyme from flea

要素

Secreted salivary acid phosphatase

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / fatty acid / leukotriene / serotonin / cysteinyl leukotriene / histamine

機能・相同性

PALMITOLEIC ACID / SEROTONIN

機能・相同性情報

生物種

Xenopsylla cheopis (ケオプスネズミノミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Lu, S. / Andersen, J.F. / Ribeiro, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Acid phosphatase-like proteins, a biogenic amine and leukotriene-binding salivary protein family from the flea Xenopsylla cheopis.
著者: Lu, S. / Andersen, J.F. / Bosio, C.F. / Hinnebusch, B.J. / Ribeiro, J.M.

履歴

登録	2023年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gdl.cif.gz	286.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gdl.ent.gz	230.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gdl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gdl_validation.pdf.gz	902.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gdl_full_validation.pdf.gz	906.6 KB	表示
XML形式データ	8gdl_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	8gdl_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gdl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Secreted salivary acid phosphatase

B: Secreted salivary acid phosphatase

ヘテロ分子

82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Secreted salivary acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Secreted salivary acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.968, 71.898, 113.513
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Secreted salivary acid phosphatase 分子量: 40368.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopsylla cheopis (ケオプスネズミノミ) プラスミド: VR-1020 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-SRO / SEROTONIN / 3-(2-AMINOETHYL)-1H-INDOL-5-OL / セロトニン分子量: 176.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂O / コメント: 神経伝達物質*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸分子量: 254.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₆H₃₀O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 5.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 75041 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Χ²: 1.307 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.78	4.1	0.745	3540	0.476	1
1.78-1.81	4.5	0.696	3639	0.5	1	91.4
1.81-1.85	4.5	0.609	3698	0.54	1	94.1
1.85-1.89	4.7	0.556	3773	0.596	1	95.5
1.89-1.93	4.8	0.504	3767	0.639	1	96.6
1.93-1.97	4.9	0.44	3797	0.717	1	97.1
1.97-2.02	4.9	0.409	3748	0.784	1	97.4
2.02-2.07	4.9	0.361	3797	0.919	1	97.2
2.07-2.14	4.9	0.33	3719	1.007	1	96.1
2.14-2.2	4.6	0.283	3657	1.198	1	93.6
2.2-2.28	5.4	0.267	3798	1.253	1	98.2
2.28-2.38	5.6	0.243	3843	1.382	1	98.7
2.38-2.48	5.5	0.219	3760	1.4	1	98.6
2.48-2.61	5.5	0.203	3822	1.487	1	98.6
2.61-2.78	5.4	0.175	3817	1.642	1	98.3
2.78-2.99	5.3	0.146	3788	1.867	1	97.8
2.99-3.29	5	0.117	3680	2.241	1	95.7
3.29-3.77	5.3	0.085	3814	2.506	1	98.1
3.77-4.75	5	0.065	3767	2.322	1	95.5
4.75-50	5.1	0.055	3817	1.806	1	95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→44.54 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	3674	4.9 %
R_work	0.2154	-	-
obs	0.2172	75002	96.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5475	0	82	300	5857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5661
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	7647
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.177	777
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	846
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.78	0.3362	96	0.325	1728	X-RAY DIFFRACTION	61
1.78-1.8	0.3722	134	0.2982	2648	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8-1.83	0.3645	129	0.2796	2717	X-RAY DIFFRACTION	97
1.83-1.85	0.2942	126	0.2562	2786	X-RAY DIFFRACTION	98
1.85-1.88	0.253	123	0.2515	2776	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-1.91	0.2669	113	0.2354	2854	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.95	0.3239	142	0.234	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
1.95-1.98	0.2544	149	0.2343	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.02	0.3164	132	0.2282	2806	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.06	0.288	155	0.2252	2821	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.11	0.2798	138	0.219	2786	X-RAY DIFFRACTION	98
2.11-2.15	0.2822	153	0.221	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
2.16-2.21	0.2724	160	0.2267	2710	X-RAY DIFFRACTION	96
2.21-2.27	0.2666	129	0.2086	2812	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.34	0.2392	136	0.2128	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.41	0.2768	146	0.2152	2849	X-RAY DIFFRACTION	99
2.41-2.5	0.2681	146	0.2192	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.6	0.2863	182	0.226	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.71	0.2835	162	0.2208	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.86	0.2541	125	0.2318	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.04	0.2725	131	0.2243	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
3.04-3.27	0.2422	153	0.2221	2707	X-RAY DIFFRACTION	95
3.27-3.6	0.2654	154	0.2034	2816	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6-4.12	0.2056	132	0.185	2813	X-RAY DIFFRACTION	98
4.12-5.19	0.1768	172	0.1713	2746	X-RAY DIFFRACTION	97
5.19-44.54	0.1915	156	0.2023	2830	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2032	0.3645	-0.4145	1.0654	-0.3487	0.8708	0.0389	-0.0415	0.0755	0.0448	0.0109	-0.0311	-0.0789	0.0262	-0.0431	0.1008	0.0113	-0.0099	0.1118	-0.0099	0.0967	0.2857	-0.7275	12.3592
2	0.8946	-0.1647	-0.127	1.1338	-0.1702	0.6696	-0.0026	0.0406	0.0298	-0.0377	0.0072	-0.0443	0.0324	0.0244	-0.0054	0.1236	-0.0057	-0.0277	0.1194	-0.0085	0.0883	22.4684	-7.5572	44.4368

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 2 through 405)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 2 through 403)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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