+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gdl | ||||||
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Title | Acid phosphatase pseudoenzyme from flea | ||||||
Components | Secreted salivary acid phosphatase | ||||||
Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / fatty acid / leukotriene / serotonin / cysteinyl leukotriene / histamine | ||||||
Function / homology | PALMITOLEIC ACID / SEROTONIN Function and homology information | ||||||
Biological species | Xenopsylla cheopis (oriental rat flea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Lu, S. / Andersen, J.F. / Ribeiro, J.M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2023 Title: Acid phosphatase-like proteins, a biogenic amine and leukotriene-binding salivary protein family from the flea Xenopsylla cheopis. Authors: Lu, S. / Andersen, J.F. / Bosio, C.F. / Hinnebusch, B.J. / Ribeiro, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gdl.cif.gz | 286.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8gdl.ent.gz | 230.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gdl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/8gdl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40368.809 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopsylla cheopis (oriental rat flea) / Plasmid: VR-1020 / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 / Details: 3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 5.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 75041 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Χ2: 1.307 / Net I/σ(I): 4.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75→44.54 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 27.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→44.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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