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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gdk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HIV-1 LM/HT CLADE A/E CRF01 GP120 Core in Complex with TFH-II-151 | ||||||
![]() | HIV-1 LM/HT Clade A/E CRF01 gp120 core | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / HIV-1 GP120 / CLADE A/E CF01 / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope / : / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tolbert, W.D. / Nguyen, D.N. / Pazgier, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of HIV-1 LM/HT CLADE A/E CRF01 GP120 Core in Complex with TFH-II-151 著者: Tolbert, W.D. / Nguyen, D.N. / Pazgier, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 750.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 761.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 14分子 A![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 39466.750 Da / 分子数: 1 / 変異: H61Y,Q105H,V108I,H375T,N474D,I475M,K476R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HIV-1 Env / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 8分子 ![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-Z7N / ( 分子量: 440.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30ClFN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-EPE / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 3350 5% PEG 400 0.1M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 11456 / % possible obs: 68.1 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 40.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 609 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.149 / % possible all: 61.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→40.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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