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万見
- PDB-8gcy: Co-crystal structure of CBL-B in complex with N-Aryl isoindolin-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gcy
タイトルCo-crystal structure of CBL-B in complex with N-Aryl isoindolin-1-one inhibitor
要素E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / E3 ligase / CBL-B / inhibitor / SGC / LIGASE / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / NLS-bearing protein import into nucleus / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of protein ubiquitination / protein catabolic process ...regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / NLS-bearing protein import into nucleus / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of protein ubiquitination / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / receptor tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / T cell receptor signaling pathway / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / immune response / membrane raft / calcium ion binding / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Ubiquitin associated domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z3N / E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Kimani, S. / Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Santhakumar, V. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: The co-crystal structure of Cbl-b and a small-molecule inhibitor reveals the mechanism of Cbl-b inhibition.
著者: Kimani, S.W. / Perveen, S. / Szewezyk, M. / Zeng, H. / Dong, A. / Li, F. / Ghiabi, P. / Li, Y. / Chau, I. / Arrowsmith, C.H. / Barsyte-Lovejoy, D. / Santhakumar, V. / Vedadi, M. / Halabelian, L.
履歴
登録2023年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9797
ポリマ－45,1531
非ポリマー8276
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.937, 76.093, 105.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene b / RING finger protein 56 / RING-type E3 ubiquitin ...Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene b / RING finger protein 56 / RING-type E3 ubiquitin transferase CBL-B / SH3-binding protein CBL-B / Signal transduction protein CBL-B


分子量: 45152.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBLB, RNF56, Nbla00127 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13191, RING-type E3 ubiquitin transferase

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非ポリマー , 6種, 148分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-Z3N / 2-{3-[(1s,3R)-3-methyl-1-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl}-6-{[(3S)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl}-4-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one


分子量: 537.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H34F3N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Imidazole, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5 0.09 M Sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 35624 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.827 / CC star: 0.951 / Χ2: 0.638 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMACREFMAC 5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→43.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.58 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22962 1795 5 %RANDOM
Rwork0.19491 ---
obs0.19669 33780 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å20 Å2
2--2.69 Å2-0 Å2
3----1.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.81→43.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2966 0 51 142 3159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.6414335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3341.596594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4715392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.06422.436156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88215512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0811516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0533.4541547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0393.4521546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1475.1631946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1485.1641947
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.353.6721636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3293.6691633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9735.392382
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.61540.053630
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.62139.9873610
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.853 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 130 -
Rwork0.273 2358 -
obs--94.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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