PDB-8gcw: Stx2A1(Y77A)-P6 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gcw

タイトル

Stx2A1(Y77A)-P6 peptide

要素

P stalk protein
rRNA N-glycosylase

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Li, X.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Stx2A1(Y77A) in complex with P6 peptide.
著者: Rudolph, M.J. / Li, X.P.

履歴

登録	2023年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gcw.cif.gz	112.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gcw.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gcw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gcw_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gcw_full_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示
XML形式データ	8gcw_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	8gcw_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/8gcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/8gcw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (8) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: rRNA N-glycosylase

P: P stalk protein

28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.917, 117.917, 117.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	208
Space group name H-M	P4₂32

#1: タンパク質	rRNA N-glycosylase 分子量: 27864.289 Da / 分子数: 1 / 変異: Y77A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: stx2A 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A9ZMR8
#2: タンパク質・ペプチド	P stalk protein 分子量: 654.712 Da / 分子数: 1 / Fragment: P6 peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Imidazole pH 8.0, 370 mM NaCl, 1.09M KNaTartrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 5545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17 % / R_merge(I) obs: 0.258 / Χ²: 0.13 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 165934

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.1-3.15	16	2.397	482	0.499	1	100
3.15-3.21	16.1	2.134	496	0.489	1	100
3.21-3.27	16.3	1.596	473	0.529	1	100
3.27-3.34	16.6	0.942	484	0.551	1	100
3.34-3.41	16.9	1.199	507	0.61	1	100
3.41-3.49	16.8	1.135	472	0.853	1	100
3.49-3.58	17.5	0.64	487	0.667	1	100
3.58-3.68	17.2	0.538	479	1.347	1	100
3.68-3.78	17	0.491	494	1.736	1	100
3.78-3.91	17.5	0.534	478	1.041	1	100
3.91-4.04	17.5	0.753	483	1.136	1	100
4.04-4.21	17.7	0.425	492	1.219	1	100
4.21-4.4	16.2	0.294	496	1.751	1	100
4.4-4.63	17	0.244	481	1.602	1	100
4.63-4.92	17.7	0.211	500	1.345	1	100
4.92-5.3	17.8	0.19	469	1.072	1	100
5.3-5.83	17.8	0.173	488	0.929	1	100
5.83-6.67	17.8	0.137	487	1.038	1	100
6.67-8.4	17.6	0.091	492	1.413	1	100
8.4-50	16.2	0.062	494	2.184	1	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→28.6 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3215	227	4.42 %
R_work	0.263	-	-
obs	0.2655	5137	92.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→28.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1925	0	0	2	1927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.431
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.846	702
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	344

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.89	0.3671	115	0.3282	2468	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9-28.6	0.2978	112	0.2355	2442	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7689	-0.607	-2.7385	3.3988	1.3756	6.4983	0.346	0.9014	-0.1043	0.3472	-0.0597	-0.3005	0.5578	-0.5141	-0.4076	0.5864	0.0287	-0.0558	0.409	-0.1012	0.4154	2.029	-43.3598	-20.8578
2	0.716	0.3476	-1.1293	1.4821	-0.8525	1.8385	-0.2321	1.1664	-0.4983	-0.4553	-0.3009	-0.0585	0.3052	-0.8814	0.9282	0.122	0.5394	0.9873	1.7123	-0.2522	0.0883	1.4484	-45.424	-38.6896
3	1.4894	-0.9543	-2.0237	3.8666	1.784	3.1862	0.3776	0.1728	0.0086	0.0257	0.0143	0.2747	-0.7956	-0.973	-0.3472	0.6892	0.054	0.1799	0.5225	0.1693	0.4805	-2.6254	-37.3098	-15.8092
4	0.962	-0.0226	0.6125	1.9678	-0.871	2.1836	0.5673	-0.1687	0.2293	-0.6708	0.21	0.0454	-1.9596	-0.7755	-0.1368	0.8566	0.3322	0.6435	0.7231	0.4055	0.0715	-6.9326	-29.7555	-8.6723
5	0.8304	-0.8615	0.0353	2.0394	-0.8555	2.1948	0.7183	0.355	0.9423	-0.5764	0.4209	0.6058	-1.7111	-1.0827	-0.6709	1.5093	0.3879	0.4947	0.7089	0.2919	0.747	-3.4734	-22.7656	-16.9597
6	2.6903	-1.3877	1.0346	3.1835	0.7095	3.5502	0.8785	0.4081	0.9655	-0.13	-0.0939	-0.3895	-1.6128	0.1789	-0.7886	0.9463	0.0456	0.3521	0.3259	0.0568	0.4833	6.0279	-29.0232	-16.2201
7	6.6451	1.518	3.4943	3.8502	1.0657	3.6357	0.2903	1.1512	-0.2829	-0.7987	0.0465	0.5738	-1.0728	-0.1985	-0.4167	1.108	0.24	0.2518	1.013	0.1397	0.5975	5.5652	-31.1091	-34.9764
8	5.6019	1.5137	2.8206	4.6757	3.0633	9.461	0.6353	1.5929	0.8214	-0.7485	-0.0364	-0.6043	-0.1304	-0.0969	-0.4782	1.0242	0.1235	0.1939	1.1446	0.1858	0.6435	2.7969	-34.4899	-38.3711
9	4.2968	4.2354	4.6335	5.3426	5.1419	5.2759	0.8202	-0.3649	0.3725	-0.2925	0.0869	-0.6718	-0.4249	0.3136	-0.6272	0.6806	0.1907	0.2797	1.0138	-0.576	0.1636	11.5843	-43.2849	-31.6922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 91 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 92 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 132 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 183 through 220 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 221 through 242 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'P' and (resid 9 through 11 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)