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- PDB-8gcv: XFEL structure of Mycobacterium tuberculosis beta lactamase micro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gcv
タイトルXFEL structure of Mycobacterium tuberculosis beta lactamase microcrystals
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/Inhibitor / Beta lactamase / sulbactam / inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Malla, T.N. / Schmidt, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Heterogeneity in M. tuberculosis beta-lactamase inhibition by Sulbactam.
著者: Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J.M. / Mariani, V. / Pandey, S. / Poudyal, I. ...著者: Malla, T.N. / Zielinski, K. / Aldama, L. / Bajt, S. / Feliz, D. / Hayes, B. / Hunter, M. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J.M. / Mariani, V. / Pandey, S. / Poudyal, I. / Sierra, R.G. / Tolstikova, A. / Yefanov, O. / Yoon, C.H. / Ourmazd, A. / Fromme, P. / Schwander, P. / Barty, A. / Chapman, H.N. / Stojkovic, E.A. / Batyuk, A. / Boutet, S. / Phillips Jr., G.N. / Pollack, L. / Schmidt, M.
履歴
登録2023年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9838
ポリマ－113,6034
非ポリマー3804
水9,206511
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.640, 98.090, 110.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 30 through 35 or resid 37...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 30 through 35 or resid 37...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 30 through 35 or resid 37...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 30 through 35 or resid 37...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUALAA2 - 7
d_12ens_1LEUARGA9 - 11
d_13ens_1TYRILEA13 - 72
d_14ens_1SERASNA74 - 144
d_15ens_1ASPALAA146 - 265
d_16ens_1PO4PO4B
d_21ens_1LEUALAC2 - 7
d_22ens_1LEUARGC9 - 11
d_23ens_1TYRILEC13 - 72
d_24ens_1SERASNC74 - 144
d_25ens_1ASPALAC146 - 265
d_26ens_1PO4PO4D
d_31ens_1LEUALAE2 - 7
d_32ens_1LEUARGE9 - 11
d_33ens_1TYRILEE13 - 72
d_34ens_1SERASNE74 - 144
d_35ens_1ASPALAE146 - 265
d_36ens_1PO4PO4F
d_41ens_1LEUALAG2 - 7
d_42ens_1LEUARGG9 - 11
d_43ens_1TYRILEG13 - 72
d_44ens_1SERASNG74 - 144
d_45ens_1ASPALAG146 - 265
d_46ens_1PO4PO4H

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.994056401751, 0.0507486547406, -0.0963142989406), (0.0754379496683, 0.958964023902, -0.273307732441), (0.0784919479198, -0.278949054316, -0.95709270147)37.1879584401, -4.09520126423, 37.6885712625
2given(0.799455798029, 0.00498848849909, 0.600704205063), (0.00525445076226, -0.999985335489, 0.00131131796873), (0.600701937524, 0.00210802991502, -0.799470286168)-9.4489293172, -33.6139806041, 28.8032449597
3given(-0.738047885635, -0.111740060356, -0.665431797724), (-0.0873532821061, -0.962070334715, 0.258437758787), (-0.669070043131, 0.24886709299, 0.700293115354)42.7406077965, -29.0994762511, 21.1733540378

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 28400.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: blaC, ERS027646_02769 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655AHQ9, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 2.4 M ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.26 Å
検出器タイプ: SLAC ePix10k 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.26 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→22.14 Å / Num. obs: 83447 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 453 % / Biso Wilson estimate: 53.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 4.38
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Num. unique obs: 8251 / CC1/2: 0.3
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6b5x

6b5x


解像度: 2.2→22.14 Å / SU ML: 0.4454 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.8464
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2605 3459 5.04 %
Rwork0.2195 65163 -
obs0.2216 68622 83.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→22.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7952 0 20 511 8483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00848124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.023311092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.26452916
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.655240977114
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.517523862797
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.577378049115
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.395330.3906701X-RAY DIFFRACTION22.23
2.23-2.260.3764460.4066838X-RAY DIFFRACTION27.17
2.26-2.30.411470.3817974X-RAY DIFFRACTION31.27
2.3-2.330.4274560.39111330X-RAY DIFFRACTION42.28
2.33-2.370.35631160.37791869X-RAY DIFFRACTION60.87
2.37-2.410.41711240.38082084X-RAY DIFFRACTION67.79
2.41-2.450.34961300.37172088X-RAY DIFFRACTION67.77
2.45-2.50.3841400.36112558X-RAY DIFFRACTION82.46
2.5-2.550.35191630.36292902X-RAY DIFFRACTION93.25
2.55-2.610.39081720.35372961X-RAY DIFFRACTION96.1
2.61-2.670.34871660.33133062X-RAY DIFFRACTION98.56
2.67-2.740.39841640.34253116X-RAY DIFFRACTION99.61
2.74-2.810.4041560.32133081X-RAY DIFFRACTION99.66
2.81-2.890.32171870.30353071X-RAY DIFFRACTION99.69
2.89-2.980.33611570.28123122X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.090.30531760.26013114X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.210.3021460.23193130X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.360.23031410.21733163X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.540.2321650.19263099X-RAY DIFFRACTION99.94
3.54-3.760.24621500.18143143X-RAY DIFFRACTION99.97
3.76-4.050.21191860.17663101X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.450.20741700.16453143X-RAY DIFFRACTION100
4.45-5.090.19461590.15813140X-RAY DIFFRACTION99.97
5.09-6.380.24681600.18563156X-RAY DIFFRACTION100
6.38-22.140.21151490.18263217X-RAY DIFFRACTION99.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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