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- PDB-8gcr: HPV16 E6-E6AP-p53 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gcr
タイトルHPV16 E6-E6AP-p53 complex
要素
  • Cellular tumor antigen p53
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Protein E6
  • Ubiquitin-protein ligase E3A
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex / HPV / ubiquitin ligase / tumor suppressor
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / symbiont-mediated suppression of host transcription / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression ...sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / symbiont-mediated suppression of host transcription / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of Cdc42 protein signal transduction / mRNA transcription / positive regulation of programmed necrotic cell death / bone marrow development / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / thymocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / androgen receptor signaling pathway / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / PI5P Regulates TP53 Acetylation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TFIID-class transcription factor complex binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / regulation of proteolysis / replicative senescence / general transcription initiation factor binding / cellular response to UV-C / progesterone receptor signaling pathway / cellular response to actinomycin D / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of execution phase of apoptosis / carbohydrate transmembrane transporter activity / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / neuroblast proliferation / maltose binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / hematopoietic stem cell differentiation / maltose transport / Pyroptosis / maltodextrin transmembrane transport / viral process / embryonic organ development / chromosome organization / type II interferon-mediated signaling pathway / postsynaptic cytosol / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / hematopoietic progenitor cell differentiation / glial cell proliferation / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain ...Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Cellular tumor antigen p53 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Ubiquitin-protein ligase E3A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Bratkowski, M.A. / Wang, J.C.K. / Hao, Q. / Nile, A.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the p53 degradation complex from HPV16.
著者: John C K Wang / Hannah T Baddock / Amirhossein Mafi / Ian T Foe / Matthew Bratkowski / Ting-Yu Lin / Zena D Jensvold / Magdalena Preciado López / David Stokoe / Dan Eaton / Qi Hao / Aaron H Nile /
要旨: Human papillomavirus (HPV) is a significant contributor to the global cancer burden, and its carcinogenic activity is facilitated in part by the HPV early protein 6 (E6), which interacts with the E3- ...Human papillomavirus (HPV) is a significant contributor to the global cancer burden, and its carcinogenic activity is facilitated in part by the HPV early protein 6 (E6), which interacts with the E3-ligase E6AP, also known as UBE3A, to promote degradation of the tumor suppressor, p53. In this study, we present a single-particle cryoEM structure of the full-length E6AP protein in complex with HPV16 E6 (16E6) and p53, determined at a resolution of ~3.3 Å. Our structure reveals extensive protein-protein interactions between 16E6 and E6AP, explaining their picomolar binding affinity. These findings shed light on the molecular basis of the ternary complex, which has been pursued as a potential therapeutic target for HPV-driven cervical, anal, and oropharyngeal cancers over the last two decades. Understanding the structural and mechanistic underpinnings of this complex is crucial for developing effective therapies to combat HPV-induced cancers. Our findings may help to explain why previous attempts to disrupt this complex have failed to generate therapeutic modalities and suggest that current strategies should be reevaluated.
履歴
登録2023年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Protein E6
B: Cellular tumor antigen p53
R: Ubiquitin-protein ligase E3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,3366
ポリマ－190,1403
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Protein E6 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 61190.582 Da / 分子数: 1 / 変異: C87S,C104S,C118S,C147S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The cysteine to serine mutations are in the protein E6 portion of the chimeric construct.,The cysteine to serine mutations are in the protein E6 portion of the chimeric construct.
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, E6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P03126
#2: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 24643.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637
#3: タンパク質 Ubiquitin-protein ligase E3A / E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6- ...E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6-associated protein / Oncogenic protein-associated protein E6-AP / Renal carcinoma antigen NY-REN-54


分子量: 104305.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE3A, E6AP, EPVE6AP, HPVE6A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05086, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of HPV16 E6, E6AP, and p53COMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2HPV16 E6 - MBP FusionCOMPLEX#11RECOMBINANT
3p53COMPLEX#21RECOMBINANT
4E6APCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)83334
32Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)333760
43Homo sapiens (ヒト)9606
54Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisC4H11NO31
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
35 mMDTTC4H10O2S21
40.01 PercentCHAPSOC32H58N2O8S1
試料濃度: 2.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 80.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9REFMACモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2349301
3次元再構成解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105794 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Accession code: 4xr8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0047412
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64910011
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.895987
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421090
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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