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- PDB-8gcq: SFX structure of oxidized cytochrome c oxidase at 2.38 Angstrom r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gcq
タイトルSFX structure of oxidized cytochrome c oxidase at 2.38 Angstrom resolution
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Oxidative phosphorylation / Electron transfer chain / Bioenergetics / Cytochrome c oxidase / Serial femtosecond X-ray crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / Mitochondrial translation termination / cytochrome-c oxidase ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / Mitochondrial translation termination / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV ...Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / HYDROXIDE ION / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / N-ACETYL-SERINE ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / HYDROXIDE ION / Chem-PEK / Chem-PGV / Chem-PSC / N-ACETYL-SERINE / TRISTEAROYLGLYCEROL / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Ishigami, I. / Yeh, S.-R. / Rousseau, D.L.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1404929 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126297 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115773 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02- 76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)S10OD023453 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM139687 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into functional properties of the oxidized form of cytochrome c oxidase.
著者: Ishigami, I. / Sierra, R.G. / Su, Z. / Peck, A. / Wang, C. / Poitevin, F. / Lisova, S. / Hayes, B. / Moss 3rd, F.R. / Boutet, S. / Sublett, R.E. / Yoon, C.H. / Yeh, S.R. / Rousseau, D.L.
履歴
登録2023年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,04186
ポリマ－410,39026
非ポリマー34,65160
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.600, 189.500, 211.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase ...Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-muscle / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-M


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb


分子量: 5054.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
糖 , 1種, 6分子

#26: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 15種, 655分子

#14: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#17: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#20: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#21: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#22: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID


分子量: 408.571 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#28: 化合物 ChemComp-SAC / N-ACETYL-SERINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.8 / 詳細: PEG4000, Sodium Phosphate, decylmaltoside

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→33 Å / Num. obs: 285036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8864.9426 % / CC1/2: 0.9746 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / Num. unique obs: 270854 / CC1/2: 0.0472
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: MESH

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 6.56 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.219 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2657 14182 4.976 %
Rwork0.2322 270854 -
all0.234 --
obs-285036 99.922 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.037 Å20 Å2-0 Å2
2--0.054 Å2-0 Å2
3----0.018 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28496 0 2368 601 31465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01931852
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01730700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.67342974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1451.58471098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.87553530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97521.4331396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.865154686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg6.401154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.43215124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.23982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0233636
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.28079
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2010.230679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.214417
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.215619
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1070.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3850.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1810.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2710.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1673.18514204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1673.18414203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0514.76217706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0514.76217707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9583.6817648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9583.6817649
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8255.37725268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8255.37725269
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.74238.01836057
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.69138.01436030
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.4410.31210180.27919803X-RAY DIFFRACTION99.9952
2.441-2.5080.2410140.20719321X-RAY DIFFRACTION100
2.508-2.580.239690.19318795X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.6590.2319450.19418248X-RAY DIFFRACTION100
2.659-2.7460.2339060.19417726X-RAY DIFFRACTION100
2.746-2.8410.258910.20717112X-RAY DIFFRACTION100
2.841-2.9480.2548850.21816503X-RAY DIFFRACTION100
2.948-3.0670.2548550.24115938X-RAY DIFFRACTION100
3.067-3.2020.2978330.26815266X-RAY DIFFRACTION100
3.202-3.3570.2997930.27114632X-RAY DIFFRACTION100
3.357-3.5370.2787610.25513913X-RAY DIFFRACTION100
3.537-3.7490.3196770.29313254X-RAY DIFFRACTION100
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6.057-7.3560.2614280.2177388X-RAY DIFFRACTION100
7.356-100.3072870.2755928X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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