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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gc9 | ||||||
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タイトル | RNase A-Uridine 5'-Heptaphosphate (RNase A.p7U) | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RNase A / oligophosphate / inhibitor / nucleoside heptaphosphate / protein-ligand complex / RNA binding protein-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Park, G. / Cummins, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Experimental and Computational Studies for the Effect of Lengthening the Phosphate Chain of Nucleotide on the RNase A Inhibitors. 著者: Park, G. / Cummins, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gc9.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gc9.ent.gz | 49.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gc9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gc9_validation.pdf.gz | 983.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gc9_full_validation.pdf.gz | 988.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gc9_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gc9_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/8gc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/8gc9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8s96C 1afuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-150 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823 #2: 化合物 | タイプ: RNA linking / 分子量: 804.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19N2O27P7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.41 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG4000, 20 mM citrate, pH 6, crystal soaked in 50 mM ligand, 30% PEG4000, 25% glycerol, 20 mM citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.544178 Å |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年1月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.544178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→34.37 Å / Num. obs: 22245 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.75 % / Biso Wilson estimate: 23.41 Å2 / Rpim(I) all: 0.0301 / Net I/σ(I): 8.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.916 Å / Num. unique obs: 1729 / Rpim(I) all: 0.3316 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1AFU 解像度: 1.85→34.34 Å / SU ML: 0.2669 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9455 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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