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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gbs | |||||||||
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タイトル | Integrative model of the native Ana GV shell | |||||||||
要素 |
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キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / Gas vesicles / Flotation / cyanobacteria | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Dolichospermum flos-aquae (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å | |||||||||
データ登録者 | Dutka, P. / Metskas, L.A. / Hurt, R.C. / Salahshoor, H. / Wang, T.U. / Malounda, D. / Lu, G. / Chou, T.F. / Shapiro, M.G. / Jensen, J.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structure of Anabaena flos-aquae gas vesicles revealed by cryo-ET. 著者: Przemysław Dutka / Lauren Ann Metskas / Robert C Hurt / Hossein Salahshoor / Ting-Yu Wang / Dina Malounda / George J Lu / Tsui-Fen Chou / Mikhail G Shapiro / Grant J Jensen / 要旨: Gas vesicles (GVs) are gas-filled protein nanostructures employed by several species of bacteria and archaea as flotation devices to enable access to optimal light and nutrients. The unique physical ...Gas vesicles (GVs) are gas-filled protein nanostructures employed by several species of bacteria and archaea as flotation devices to enable access to optimal light and nutrients. The unique physical properties of GVs have led to their use as genetically encodable contrast agents for ultrasound and MRI. Currently, however, the structure and assembly mechanism of GVs remain unknown. Here we employ cryoelectron tomography to reveal how the GV shell is formed by a helical filament of highly conserved GvpA subunits. This filament changes polarity at the center of the GV cylinder, a site that may act as an elongation center. Subtomogram averaging reveals a corrugated pattern of the shell arising from polymerization of GvpA into a β sheet. The accessory protein GvpC forms a helical cage around the GvpA shell, providing structural reinforcement. Together, our results help explain the remarkable mechanical properties of GVs and their ability to adopt different diameters and shapes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gbs.cif.gz | 56.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gbs.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8gbs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gbs_validation.pdf.gz | 611.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gbs_full_validation.pdf.gz | 615.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gbs_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gbs_validation.cif.gz | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29921MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7534.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Dolichospermum flos-aquae (バクテリア) 参照: UniProt: P10397 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2826.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Dolichospermum flos-aquae (バクテリア) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: 電子線トモグラフィー法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Gas vesicles (GVs) / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Dolichospermum flos-aquae (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES, pH 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force 3, blot time 4 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.5/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | |||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5874 | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Cross-correlation, occupancy | |||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7R1C Accession code: 7R1C / Source name: PDB / タイプ: experimental model |