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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gbr | |||||||||
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タイトル | Cardiac amyloid fibrils extracted from a wild-type ATTR amyloidosis patient | |||||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | |||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Transthyretin (トランスサイレチン) / Amyloidosis (アミロイドーシス) / Systemic amyloidosis / ATTR / Cardiac (心臓) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen, B.A. / Saelices, L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cardiac amyloid fibrils extracted from a wild-type ATTR amyloidosis patient 著者: Nguyen, B.A. / Saelices, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gbr.cif.gz | 101.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gbr.ent.gz | 75.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gbr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15904.984 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart心臓 / Plasmid details: Transthyretin amyloidosis / 組織: Cardiac心臓 / 参照: UniProt: P02766 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: cardiac amyloid fibril of wild-type transthyretin amyloidosis タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: extracellular / 器官: Heart / 組織: Cardiac |
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: fibrils are in water |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified by water extraction |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1700 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 4.98 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8243 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -1.245 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.898 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50584 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 71.63 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: Initial fitting was done using Coot with rigid body fit, then real space refinement for better fitting | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8E7D PDB chain-ID: A / Accession code: 8E7D / 詳細: Similar structure / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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