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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gbb | ||||||
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タイトル | Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) from multi-drug resistant Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | SDR family oxidoreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Short chain / SDR / Acinetobacter baumannii | ||||||
機能・相同性 | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Shaw, K.I. / Ghafoori, S.M. / Forwood, J.K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2023 タイトル: Crystallographic structure determination and analysis of a potential short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) from multi-drug resistant Acinetobacter baumannii. 著者: Ghafoori, S.M. / Abdollahpour, S. / Shirmast, P. / Forwood, J.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gbb.cif.gz | 190.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gbb.ent.gz | 152.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gbb_validation.pdf.gz | 428.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gbb_full_validation.pdf.gz | 430.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gbb_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gbb_validation.cif.gz | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2d1yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27827.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: F4T85_19375, FJU42_12090, HBK86_07635 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0M3FP68 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M lithium chloride 0.1 M Tris pH 8.0, 20% (v/v) polyethylene glycol 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.4 Å / Num. obs: 20190 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 28.6 % / Biso Wilson estimate: 24.95 Å2 / CC1/2: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.8597 / Net I/σ(I): 31.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.486 Å / Rmerge(I) obs: 2.106 / Mean I/σ(I) obs: 4.67 / Num. unique obs: 1976 / CC1/2: 0.694 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2D1Y 解像度: 2.4→29.4 Å / SU ML: 0.2365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1326 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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