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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gba | ||||||
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タイトル | Porous framework formed by assembly of a bipyridyl-conjugated helical peptide | ||||||
要素 | LEU-(AIB)-ALA-SER-LEU-ALA-CYS-(AIB)-LEU | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) | ||||||
機能・相同性 | Chem-I77 / ニコチン酸 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.89 Å | ||||||
データ登録者 | Hess, S.S. / Nguyen, A.I. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023 タイトル: Noncovalent Peptide Assembly Enables Crystalline, Permutable, and Reactive Thiol Frameworks. 著者: Hess, S.S. / Coppola, F. / Dang, V.T. / Tran, P.N. / Mickel, P.J. / Oktawiec, J. / Ren, Z. / Kral, P. / Nguyen, A.I. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gba.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gba.ent.gz | 10.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gba.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gba | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8gb9C 8gbhC 8gbiC 8gbmC 8gboC 8gd6C 8gd8C 8givC 8gj7C 8gk1C 8gk2C 8gk9C 8gkbC 8gkxC 8gl0C 8gl4C 8gl5C 8sw2C 8sy4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 860.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NIO / |
#3: 化合物 | ChemComp-I77 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: Water/Acetonitrile |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.61992 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.61992 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.89→28.63 Å / Num. obs: 11662 / % possible obs: 96.76 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 3.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09684 / Net I/σ(I): 19.26 |
反射 シェル | 解像度: 0.89→0.9219 Å / Rmerge(I) obs: 0.2003 / Num. unique obs: 547 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.89→28.63 Å / SU ML: 0.0433 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 8.6222 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 4.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.89→28.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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