PDB-8gaj: Crystal Structure of E. coli LptA in complex with Podisus maculiv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gaj

タイトル

Crystal Structure of E. coli LptA in complex with Podisus maculiventris Thanatin

要素

Lipopolysaccharide export system protein LptA
Thanatin

キーワード

ANTIBIOTIC/LIPID TRANSPORT / LptA / Thanatin / ANTIBIOTIC / ANTIBIOTIC-LIPID TRANSPORT complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glycolipid transfer activity / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / defense response to fungus / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Podisus maculiventris (昆虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Huynh, K. / Kibrom, A. / Donald, B. / Zhou, P.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)		米国

引用

ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2023
タイトル: Discovery, characterization, and redesign of potent antimicrobial thanatin orthologs from Chinavia ubica and Murgantia histrionica targeting E. coli LptA.
著者: Huynh, K. / Kibrom, A. / Donald, B.R. / Zhou, P.

履歴

登録	2023年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gaj.cif.gz	153.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gaj.ent.gz	101.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gaj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8gaj_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gaj_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
XML形式データ	8gaj_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	8gaj_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/8gaj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/8gaj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8gakC 8galC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipopolysaccharide export system protein LptA

B: Thanatin

C: Lipopolysaccharide export system protein LptA

D: Thanatin

34 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, heterodimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.950, 61.830, 150.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Lipopolysaccharide export system protein LptA 分子量: 14536.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lptA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6D0DFJ5
#2: タンパク質・ペプチド	Thanatin 分子量: 2441.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Podisus maculiventris (昆虫) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55788
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.025 M Tris pH 8.5, 100 mM NaCl, 0.05 M MES pH 5.8, 35% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→47.75 Å / Num. obs: 16463 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 11.98 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 23.27
反射シェル	解像度: 2.43→2.517 Å / Num. unique obs: 1614 / CC_1/2: 0.98 / CC star: 0.995

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.43→47.75 Å / SU ML: 0.2389 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.8136
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	810	4.92 %
R_work	0.1937	15651	-
obs	0.196	16461	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→47.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2237	0	0	169	2406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	2271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6172	3070
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0509	346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	407
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.4707	307

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.58	0.2829	134	0.2394	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.58-2.78	0.3046	142	0.2204	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.78-3.06	0.245	142	0.2104	2566	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.06-3.5	0.2285	127	0.1787	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-4.41	0.2062	131	0.167	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.41-47.75	0.2225	134	0.1835	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.714733325742	0.0662755087267	0.512780615535	0.601535289677	1.40646312282	3.75819319181	0.0137251516454	-0.077039900476	0.0695404224557	-0.146224807864	-0.025050206678	0.255729524406	-0.206369842084	-0.0997523242095	0.0294716301057	0.116240038206	-0.0819677049743	-0.0422412582282	0.0605078681684	0.0436368526191	0.178370623389	-12.23136234	-25.4766679887	-13.0256505236
2	5.00542938818	0.0303762392862	1.84465850761	4.79893956685	-0.864832556381	6.54166312214	-0.199245045485	0.188154205429	-0.407343628457	-0.63049961254	0.254891149852	-0.0118004740859	0.460118624222	-0.422926344897	-0.0268972663587	0.464867204689	-0.114342677675	0.0695333670078	0.321033286046	-0.0278852865147	0.175587331234	-16.3638593086	-35.1142734482	-29.9048509235
3	0.633573573558	0.142009213474	0.112831981011	0.925990641627	0.404473278505	1.30379463209	-0.032982358199	0.097255537833	-0.0860686505106	-0.17233245923	-0.03009468061	0.0331709282929	-0.00586036715886	-0.110134456049	0.0394740032516	0.242482407028	-0.0765507725645	-0.0735407915944	0.0675292122493	-0.0280469360781	0.0896914275942	-9.67285038995	-27.0176410968	-23.1465208997
4	0.696872973412	-0.0580100074911	-0.125293534972	2.07004919113	2.55297002854	5.65742434153	-0.0127213728683	0.110656722529	0.00700571705796	-0.269710351142	0.0860817260023	-0.00111242758122	-0.297377026149	0.214255135426	-0.0951243427855	0.117578197172	-0.0722545253565	-0.0769570720867	0.0939685869974	-0.0203301354371	0.0993145768285	-4.73927667985	-23.6758590956	-17.0283749995
5	3.43201441253	2.78929395285	0.0378813808396	5.15830298874	-0.107161970725	0.929059746831	0.0382544053065	0.0560013869254	-0.47073570626	0.0790825225067	-0.00696474279975	-0.149283980784	0.456390222939	-0.228647938358	0.00810259457484	0.501343992855	-0.0636972284448	-0.0821775957819	0.177929667203	-0.0661181311729	0.250875610272	-11.5496536713	-37.0697560979	-22.372970931
6	0.680023471899	0.093432929849	0.517937210079	1.12439165089	0.722701705846	0.855613055088	0.121165860777	0.211484634702	-0.266847403346	-0.00917068226679	0.0358168555653	0.0276683945001	0.45277215824	-0.182239324632	-0.07749353674	0.300040960541	-0.0691084128254	-0.0466912945897	0.109816782093	-0.0449394511467	0.0924893237401	-5.21446394742	-30.681832882	-16.5129110601
7	2.46222974497	-0.507196978634	-0.965415810471	1.58906513526	0.380156872141	2.75523870268	0.0732440664111	0.184820350422	-0.100173912582	-0.123868059799	0.00590697693436	-0.125745353983	0.0107054090056	0.0425685631667	-0.0606150631741	-0.0233993060134	-0.00569517339847	0.0299753396819	0.215908453445	-0.0438250136344	0.12282050695	2.36166849605	-22.3263975415	-6.81479421081
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9	1.56789799427	0.637819285673	-0.106152130579	1.84211859835	-0.239718150453	0.874717807756	0.0567666764334	0.1365775555	0.07675775532	-0.2059382936	-0.24651963757	-0.0120812399595	-0.0904037719753	-0.169757508001	0.0600432886182	-0.0273778317713	0.120674342302	0.0408487975582	0.248662645721	-0.0590201105423	0.147444568656	6.85204988544	-15.1380905863	-10.5942746128
10	1.43325588767	0.594199372297	2.25052606711	0.548327899782	1.11513095435	3.63878590448	0.0598096420626	-0.346918230757	0.186977389298	0.30233815806	0.0717511955956	-0.447988857542	-0.346002854266	0.360341634566	-0.129834034438	0.190725652433	-0.120162489308	-0.0658456999067	0.289837455662	-0.0521397198097	0.217586119154	23.5778464189	-1.9428812006	-3.68242968197
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23	3.74875963681	-0.119081759433	-1.74302159436	0.506553517388	0.00716092735141	3.68592186962	-0.271211295912	0.819507952973	0.0745339373984	-0.818406355526	0.189080443891	-0.0189761373789	-0.438955060814	0.386776341297	0.0649125946472	0.629685076556	-0.0798150390297	0.0476342355725	0.365615727225	0.00340311132187	0.171385242061	22.3583846739	-13.1599636733	-36.4569801102

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 28 through 41 )	A	A	28 - 41	1 - 14
2	2	chain 'A' and (resid 42 through 50 )	A	A	42 - 50	15 - 23
3	3	chain 'A' and (resid 51 through 62 )	A	A	51 - 62	24 - 35
4	4	chain 'A' and (resid 63 through 70 )	A	A	63 - 70	36 - 43
5	5	chain 'A' and (resid 71 through 79 )	A	A	71 - 79	44 - 52
6	6	chain 'A' and (resid 80 through 98 )	A	A	80 - 98	53 - 71
7	7	chain 'A' and (resid 99 through 109 )	A	A	99 - 109	72 - 82
8	8	chain 'A' and (resid 110 through 124 )	A	A	110 - 124	83 - 97
9	9	chain 'A' and (resid 125 through 141 )	A	A	125 - 141	98 - 114
10	10	chain 'A' and (resid 142 through 154 )	A	A	142 - 154	115 - 127
11	11	chain 'B' and (resid 3 through 8 )	B	B	3 - 8	1 - 6
12	12	chain 'B' and (resid 9 through 21 )	B	B	9 - 21	7 - 19
13	13	chain 'C' and (resid 28 through 41 )	C	C	28 - 41	1 - 14
14	14	chain 'C' and (resid 42 through 50 )	C	C	42 - 50	15 - 23
15	15	chain 'C' and (resid 51 through 62 )	C	C	51 - 62	24 - 35
16	16	chain 'C' and (resid 63 through 70 )	C	C	63 - 70	36 - 43
17	17	chain 'C' and (resid 71 through 89 )	C	C	71 - 89	44 - 62
18	18	chain 'C' and (resid 90 through 98 )	C	C	90 - 98	63 - 71
19	19	chain 'C' and (resid 99 through 115 )	C	C	99 - 115	72 - 88
20	20	chain 'C' and (resid 116 through 141 )	C	C	116 - 141	89 - 114
21	21	chain 'C' and (resid 142 through 154 )	C	C	142 - 154	115 - 127
22	22	chain 'D' and (resid 3 through 8 )	D	D	3 - 8	1 - 6
23	23	chain 'D' and (resid 9 through 21 )	D	D	9 - 21	7 - 19

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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