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- PDB-8gaj: Crystal Structure of E. coli LptA in complex with Podisus maculiv... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gaj | |||||||||
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Title | Crystal Structure of E. coli LptA in complex with Podisus maculiventris Thanatin | |||||||||
![]() |
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![]() | ANTIBIOTIC/LIPID TRANSPORT / LptA / Thanatin / ANTIBIOTIC / ANTIBIOTIC-LIPID TRANSPORT complex | |||||||||
Function / homology | ![]() glycolipid transfer activity / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / defense response to fungus / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huynh, K. / Kibrom, A. / Donald, B. / Zhou, P. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Discovery, characterization, and redesign of potent antimicrobial thanatin orthologs from Chinavia ubica and Murgantia histrionica targeting E. coli LptA. Authors: Huynh, K. / Kibrom, A. / Donald, B.R. / Zhou, P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 153.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 101.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 441.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 441.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8gakC ![]() 8galC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14536.247 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 2441.984 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: 0.025 M Tris pH 8.5, 100 mM NaCl, 0.05 M MES pH 5.8, 35% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 24, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.43→47.75 Å / Num. obs: 16463 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 11.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 23.27 |
Reflection shell | Resolution: 2.43→2.517 Å / Num. unique obs: 1614 / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.43→47.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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