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- PDB-8gai: Cavia porcellus (guinea pig) importin-alpha 1 in complex with Bim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gai
タイトルCavia porcellus (guinea pig) importin-alpha 1 in complex with Bimax2 peptide
要素
  • Bimax2
  • Importin subunit alpha
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / positive regulation of type I interferon production / histone deacetylase binding / host cell / nuclear membrane ...entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / positive regulation of type I interferon production / histone deacetylase binding / host cell / nuclear membrane / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Cavia porcellus (哺乳類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Hawker, J.E. / Forwood, J.K. / Donnelly, C.M. / Stewart, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cavia porcellus (guinea pig) importin-alpha 1 in complex with bimax2 peptide
著者: Hawker, J.E. / Donnelly, C.M. / Stewart, M. / Forwood, J.K.
履歴
登録2023年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha
B: Bimax2
C: Importin subunit alpha
D: Bimax2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,3514
ポリマ－110,3514
非ポリマー00
水1,13563
1
A: Importin subunit alpha
B: Bimax2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1752
ポリマ－55,1752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Importin subunit alpha
D: Bimax2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1752
ポリマ－55,1752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.008, 99.269, 123.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha


分子量: 51239.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / 遺伝子: KPNA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0VVB1
#2: タンパク質・ペプチド Bimax2


分子量: 3936.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→19.95 Å / Num. obs: 25741 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / CC1/2: 0.991 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / Num. unique obs: 24373 / CC1/2: 0.689

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→19.95 Å / SU ML: 0.3245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8488
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 1334 5.19 %
Rwork0.2023 24366 -
obs0.2044 25700 93.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7056 0 0 63 7119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66839840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.27632696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.740.28411380.26652435X-RAY DIFFRACTION95.4
2.74-2.850.30381350.24932397X-RAY DIFFRACTION94.2
2.85-2.980.29121300.24582458X-RAY DIFFRACTION95.75
2.98-3.140.29921280.2382480X-RAY DIFFRACTION95.92
3.14-3.340.29361450.23232437X-RAY DIFFRACTION95.24
3.34-3.590.24211290.2232455X-RAY DIFFRACTION94.38
3.59-3.950.24181440.18792395X-RAY DIFFRACTION92.9
3.95-4.520.19831330.15982404X-RAY DIFFRACTION91.82
4.52-5.670.21141240.1772453X-RAY DIFFRACTION92.63
5.67-19.950.20441280.1852452X-RAY DIFFRACTION88.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.732098781950.9954272245530.7744985004923.961855596460.3551405251863.00577143284-0.09535742806270.0523855240135-0.4420095843860.002929866505460.0264141063958-0.1485066888950.431723608045-0.03337596995620.02820521847820.2967444061910.05534195022780.02406470853360.274520415339-0.02841417056360.288552504639-24.96310952-6.2581523649-19.0818949862
20.283946048222-0.450735480974-0.7341867422562.317269099092.417074843463.85433894131-0.02127981987730.0720965004126-0.0112810959975-0.198638891264-0.00361321735657-0.0510389772221-0.1835056659420.1108493856250.02119383990050.2488470906290.000240591194138-0.01439162471990.3283951677890.01974545226340.323609388011-24.195968853426.18431803240.450043213955
33.60779277237-0.0906407279597-0.9960064868694.61903913891.307274777635.81455902614-0.0560722869306-0.3672283805660.01654074742340.1958657189660.0433430038597-0.268071554120.2248554319060.6809040765540.02216236259740.2900619368080.0378390997797-0.02432028873730.5273252443990.04244772883720.347760770873-25.839963613736.012286716132.6184994953
44.871443044370.609837663916-4.752490492042.680897827980.586481359795.18450334565-0.37322560923-1.680162587870.2768826913382.036599101790.659075211848-0.9250399604990.595925324961.92177721466-0.2443720464690.7563434337230.183612645671-0.1723329155180.592959211225-0.1348398168670.474922376974-16.874578134225.26902455812.2744794725
52.014051901093.380559082192.238714749249.074995899846.096828647214.11098144421-0.250638652146-2.1385146740.7426676625321.61751101509-1.023493489330.516940878071-0.387575030495-0.8991144110010.8421657110630.858901466199-0.0337553696133-0.03319755577560.970614979684-0.2242099089770.876034470669-26.88153844613.30939955612.18761334382
67.901208694153.316627999244.839164717568.080402571434.568154556593.988040529680.0573692435763-0.6191543617930.2464010272570.173216395052-0.3562681124691.05602752948-0.0604504170431-0.6616043837950.7315628549870.2937834806360.07628878032780.09572125770640.3202519136860.03804358933730.425727154193-32.98730924150.722881289989-13.9206689642
73.76510534657-1.65582775485-0.578740938864.130749233251.550477846673.62630069142-0.085651317870.1109773396870.262263394331-0.2996260462790.00542772975771-0.154887393952-0.360640404947-0.1891888393660.05182586494790.327853216741-0.038445986388-0.01013643375070.349494966751-0.01800031841530.358469604313-29.7833771827-5.5080632134219.8293665764
8-0.07426295188180.0774946314520.03942254129052.737670549012.709729381913.45123110404-0.01671787617090.007678829711330.06228005553030.1243087461080.0548102707005-0.06392223785960.1870688943420.0447996811869-0.06228213574870.338640968919-0.02504527948030.01751477412830.3200431997220.01361942350260.308028018676-29.1281786714-36.15594112344.43108862411
91.52715710648-0.5746328325580.3805470110391.30601587210.8551194802896.12164911060.03286441320770.1221800996530.1341726788690.0372590636990.0634049834321-0.136218316459-0.1105032234040.0538438481186-0.02244906196170.27025971702-0.01957246937470.01255112432570.331399363677-0.009524868435760.319532143896-33.0984559894-46.1608747658-24.0775997596
102.91538713248-2.460616984820.3601808799683.120212441151.292477987982.705987203940.313432420639-0.0985383610662-0.482884104253-0.858547553094-0.3129549918410.0953291184935-1.56530307770.2591606684830.2174894333550.55129664334-0.1352319014480.03833474982470.517111682461-0.06527119811120.564463990597-25.666379386-46.3441363776-41.2717082244
117.953486974226.211323301823.50165873074.847396922052.716172991551.550387043950.7793063546850.832768219493-0.9214394973960.04431898844970.865886294526-0.901647229583-0.2099934829270.425751985762-1.470704553710.655394292568-0.0367707067524-0.0127578900370.737256164616-0.05268055136480.47820072076-17.9544590888-44.8757488321-20.0332289601
122.5400914686-0.491660863772-0.6564358529298.833148599794.475161713542.385816230480.3351249937280.3629123828020.773155524879-1.42256255961-0.5759220256230.781404016135-0.394865190086-0.7919289443890.2819123066990.6386948249320.04763476199030.0384251068950.5008027798560.009175487789660.410462279336-25.6861471635-31.430604533-7.93125945265
136.28142838048-6.59905268636-5.33795035859.471717967186.146960516634.64597856951-0.0769743684110.55308904282-0.379719132796-0.610343795211-0.9208770838670.754135371912-0.5441355384910.06496517734950.6772046300020.4353090418060.06470115590190.01120596058720.542874565208-0.03062638666530.249860208853-37.5537988732-16.14845177710.5101655634
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 76 through 219 )AA76 - 2191 - 144
22chain 'A' and (resid 220 through 433 )AA220 - 433145 - 358
33chain 'A' and (resid 434 through 503 )AA434 - 503359 - 428
44chain 'B' and (resid 8 through 12 )BB8 - 121 - 5
55chain 'B' and (resid 13 through 22 )BB13 - 226 - 15
66chain 'B' and (resid 23 through 29 )BB23 - 2916 - 22
77chain 'C' and (resid 76 through 219 )CC76 - 2191 - 144
88chain 'C' and (resid 220 through 390 )CC220 - 390145 - 315
99chain 'C' and (resid 391 through 481 )CC391 - 481316 - 406
1010chain 'C' and (resid 482 through 509 )CC482 - 509407 - 434
1111chain 'D' and (resid 3 through 7 )DD3 - 71 - 5
1212chain 'D' and (resid 8 through 17 )DD8 - 176 - 15
1313chain 'D' and (resid 18 through 29 )DD18 - 2916 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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