PDB-8g9m: Acinetobacter_baumannii short-chain dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g9m

タイトル

Acinetobacter_baumannii short-chain dehydrogenase

要素

Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase

機能・相同性

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shaw, K. / Forwood, J.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Acinetobacter_baumannii short-chain dehydrogenase
著者: Shaw, K. / Forwood, J.K.

履歴

登録	2023年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g9m.cif.gz	62.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g9m.ent.gz	36.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8g9m_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8g9m_full_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示
XML形式データ	8g9m_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	8g9m_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/8g9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/8g9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nrpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.775, 93.775, 190.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22
Space group name Hall	P6₄2(x,y,z+1/6)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+2/3 #3: y,-x+y,z+1/3 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+1/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+2/3

#1: タンパク質	Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family 分子量: 27804.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: fabG_3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D5YHJ0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.78 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30%(v/v) Polyethylene glycol 8,000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.935 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.64 Å / Num. obs: 17882 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 56.84 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1979 / CC_1/2: 0.896

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NRP

6nrp

解像度: 2.5→29.64 Å / SU ML: 0.4227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.1524 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2652	874	4.92 %
R_work	0.2492	16881	-
obs	0.25	17755	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1538	0	0	3	1541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	1560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5084	2123
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0451	256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.6957	921

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.66	0.4999	130	0.4386	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.66-2.86	0.383	131	0.3641	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.86-3.15	0.3103	168	0.3174	2740	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.15-3.6	0.2786	141	0.2627	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.6-4.54	0.2462	151	0.2142	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.4
4.54-29.64	0.2149	153	0.2058	3020	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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