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- PDB-8g98: Adenylation domain structure from NRPS-like Delta-Poly-L-Ornithin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g98
タイトルAdenylation domain structure from NRPS-like Delta-Poly-L-Ornithine synthetase (L-Lysine bound)
要素Dimodular nonribosomal peptide synthase
キーワードLIGASE / Adenylation domain / NRPS / delta-poly-L-ornithine synthetase / nonribosomal peptide synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthetase, C-terminal / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Trimeric LpxA-like superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily ...Non-ribosomal peptide synthetase, C-terminal / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Trimeric LpxA-like superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / Dimodular nonribosomal peptide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Patel, K.D. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136235 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and functional insights into delta-poly-L-ornithine polymer biosynthesis from Acinetobacter baumannii.
著者: Patel, K.D. / Gulick, A.M.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimodular nonribosomal peptide synthase
B: Dimodular nonribosomal peptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,14115
ポリマ－91,8892
非ポリマー1,25213
水1,35175
1
A: Dimodular nonribosomal peptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4606
ポリマ－45,9441
非ポリマー5165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dimodular nonribosomal peptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6819
ポリマ－45,9441
非ポリマー7378
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.480, 91.978, 152.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHR(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA8 - 17210 - 174
12LYSLYSARGARG(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA178 - 410180 - 412
23THRTHRTHRTHR(chain 'B' and (resid 8 through 129 or (resid 130...BB8 - 17210 - 174
24LYSLYSARGARG(chain 'B' and (resid 8 through 129 or (resid 130...BB178 - 410180 - 412

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要素

#1: タンパク質 Dimodular nonribosomal peptide synthase


分子量: 45944.387 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-413 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
遺伝子: dhbF_1, ABBFA_00818 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K6CNB8
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % / 解説: Long rods
結晶化温度: 293.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Amm Bromide, 0.1 M BTP pH 7.0, 24% PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→58.64 Å / Num. obs: 31880 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 62.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1269 / Rpim(I) all: 0.0368 / Net I/σ(I): 15.54
反射 シェル解像度: 2.49→2.57 Å / Num. unique obs: 3069 / CC1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Coot0.9.5モデル構築
AutoProcessデータ削減
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8G95

8g95


解像度: 2.49→58.64 Å / SU ML: 0.3638 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0538 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 1999 6.27 %
Rwork0.195 29870 -
obs0.1984 31869 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→58.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6104 0 82 75 6261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00796319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96558619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05551002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681097
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.27283747
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.550.34671380.3212065X-RAY DIFFRACTION97.82
2.55-2.620.34081390.2942074X-RAY DIFFRACTION99.1
2.62-2.70.30361410.2852100X-RAY DIFFRACTION99.42
2.7-2.780.32481400.28742101X-RAY DIFFRACTION99.56
2.78-2.880.36041400.26732099X-RAY DIFFRACTION99.38
2.88-30.3251410.25532111X-RAY DIFFRACTION99.6
3-3.140.28211420.24452110X-RAY DIFFRACTION99.73
3.14-3.30.28711430.21422135X-RAY DIFFRACTION99.74
3.3-3.510.24461420.21182125X-RAY DIFFRACTION99.82
3.51-3.780.25011430.17872138X-RAY DIFFRACTION99.91
3.78-4.160.20461440.15942142X-RAY DIFFRACTION99.78
4.16-4.760.20111440.15852161X-RAY DIFFRACTION99.78
4.76-60.23531470.17382194X-RAY DIFFRACTION100
6-58.640.23421550.17572315X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58830749698-0.6429314572951.428729909721.22816776133-1.234130125594.57037220951-0.3132847040720.3367003922030.198824751760.217950894585-0.067057642522-0.379005843678-0.4210547760131.003108581710.4046308804350.507884462706-0.119452638776-0.09442030686740.6308977534050.04021506770840.57660543810533.13326967221.410766581026.42386807196
23.01969701088-1.215283076281.916888539743.11765079214-1.452054343956.14596418077-0.0670881202536-0.0070726398339-0.167970092065-0.0830229968502-0.0410331694006-0.190686636160.1865867949090.06370566655950.04394968079470.404049120314-0.049352141044-0.009811941256830.569441587292-0.01321189385040.58242419695121.6693898829-4.62043927242.90351708337
31.63484426246-0.8038659552330.952600771721.77930956571-0.3664519080963.93438584939-0.556969562949-0.3797757315720.4111357821990.6851581288370.283025248840.0888195572769-1.70244052179-0.6330047150730.3600601917290.9702185441260.266137975128-0.1531139991760.562075019944-0.05171749500570.6407572670316.168545013312.974187806513.8324291297
42.735803322420.4690447021221.866408369171.53751302875-1.080475218394.89653697021-0.0977862694822-0.405298284362-0.4142861622470.1335075878880.3878713211610.3667995189740.304694653234-1.14050481431-0.2472437240450.435706469448-0.06264996682730.02726642190870.764702055320.08978511256690.5744554002696.2215283715-7.963173679255.74563098356
52.47386213759-0.892996410241.798124664691.70274177796-0.9653958043945.13500601008-0.3293887730150.07089091700980.54777429726-0.0392088759023-0.277233973232-0.0738455667753-1.14925149547-0.07933100116260.4241972742320.7010127472390.0574528258408-0.120469615420.4603147528580.07377436584640.59052041822910.565314130116.580886494-29.962529395
62.08675836894-0.6138531435591.444762451822.10715969744-0.7298748989845.882065707440.3632288947690.00395097931571-0.0378824631369-0.340573231406-0.3245904165-0.04475881337950.8972190595880.281011644506-0.03464483968580.5612652784340.124515256041-0.05864280848140.516112504399-0.0001763022125080.47913539117812.7268766671-3.88625255349-29.086691633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 159 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 160 through 200 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 201 through 294 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 295 through 411 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 8 through 159 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 160 through 411 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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