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- PDB-8g8r: RelB NLS in complex with Importin alpha 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g8r
タイトルRelB NLS in complex with Importin alpha 2
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Transcription factor RelB
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear import / transcription factors / Nf-kB
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 1 cell differentiation / lymphocyte differentiation / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / cellular response to osmotic stress ...T-helper 1 cell differentiation / lymphocyte differentiation / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / cellular response to osmotic stress / non-canonical NF-kappaB signal transduction / NF-kappaB complex / nuclear import signal receptor activity / antigen processing and presentation / canonical NF-kappaB signal transduction / transcription repressor complex / CD209 (DC-SIGN) signaling / response to cytokine / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / circadian regulation of gene expression / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / host cell / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / postsynaptic density / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / synapse / centrosome / protein kinase binding / chromatin / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelB / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain ...Transcription factor RelB / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / p53-like transcription factor, DNA-binding / Armadillo-like helical / Immunoglobulin E-set / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Importin subunit alpha-1 / Transcription factor RelB
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tsimbslyuk, S. / Stewart, M. / Forwood, J.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: monopartite p52 NLS in complex with Importin alpha 2
著者: Tsimbslyuk, S. / Stewart, M. / Forwood, J.K.
履歴
登録2023年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Transcription factor RelB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2933
ポリマ－59,1392
非ポリマー1541
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.465, 90.328, 99.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Transcription factor RelB / I-Rel


分子量: 3870.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RELB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01201
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH7.5, 0.8.5M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→33.84 Å / Num. obs: 22000 / % possible obs: 88.74 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 51.66 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.6 Å / Num. unique obs: 1053 / CC1/2: 0.841

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BW0

6bw0


解像度: 2.6→33.84 Å / SU ML: 0.2979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5798
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2128 1053 4.79 %
Rwork0.1777 20947 -
obs0.1794 22000 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3408 0 8 30 3446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60484751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.54421302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.31021260.26682553X-RAY DIFFRACTION97.14
2.72-2.860.24681310.22832555X-RAY DIFFRACTION98.14
2.86-3.040.28311400.22022576X-RAY DIFFRACTION98.62
3.04-3.280.2561190.22152610X-RAY DIFFRACTION98.7
3.28-3.60.25061200.18132622X-RAY DIFFRACTION98.88
3.6-4.120.18181340.16012633X-RAY DIFFRACTION98.61
4.13-5.190.19141490.14242640X-RAY DIFFRACTION99.04
5.19-33.840.17961340.16382758X-RAY DIFFRACTION98.1
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64240097550.4212986838050.5703922752615.760211656021.331235813051.478992570410.22264805578-0.0800840444629-0.1471647055630.271770351162-0.165964509270.009233852489130.155536475827-0.140734689211-0.04365037283880.344009169579-0.0161766981589-0.02912136816310.352636014978-0.01076677538860.2338152498866.55833328491-2.93745150671-15.6868269607
21.36561571767-1.45768334886-1.483495856331.57715611541.549854158942.737279642310.133386709173-0.06901606667220.279355921943-0.1046589016660.063656775529-0.0663604821915-0.04352732615240.00841233252001-0.1832709749280.259852709966-0.045398558810.008383144115320.27916128962-0.0009276168499890.403070260461-4.1534945868128.0039342681-5.46954714239
31.418668322470.7240430861320.07074735462811.76661010710.7551286636723.242976184020.0828244287221-0.9162154637710.2564811255380.7188537928050.270971516763-0.4007234478140.1686569875870.554130369036-0.2248678101180.6206066145250.0463517066673-0.1062387545020.818017713978-0.1789136235960.566676397429-6.6295944996339.239247195426.0330905105
42.10752734764-0.1886950242930.5547649208012.44748480797-4.154713697467.09323881265-0.556811643507-0.1878478191910.9264320229070.379848926109-0.371333442890.06032626873240.7646632534630.05018476600160.910028695350.5995012663750.113464005841-0.03956457560070.542905787527-0.2126977632830.6616202529692.8646804982432.8225832977.53005553019
54.09170566222.647699211194.71985675331.716400518683.049262868335.46518069215-0.07073179662940.117481450865-0.5724506765080.1230512484840.390014744463-0.6524142356610.1172093557220.366717628673-0.1063317104181.258984354570.162864675167-0.1241849921540.981983166504-0.1943521586651.340799276222.2745499909921.06834259277.72724051742
65.603943869631.72953559647-0.03477617290642.937863331983.226910649695.48954001868-0.208120025833-0.2105411549840.618147605260.893665028953-0.2382819125551.44654628349-0.0647878274076-0.3706248902660.3251037060820.5838137667290.05636731187290.06751686445760.6487780367670.02648516172040.623366848213-2.652922459984.86633269219-8.54128175391
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 72 through 202 )AA72 - 2021 - 131
22chain 'A' and (resid 203 through 390 )AA203 - 390132 - 319
33chain 'A' and (resid 391 through 497 )AA391 - 497320 - 426
44chain 'B' and (resid 408 through 412 )BC408 - 4121 - 5
55chain 'B' and (resid 413 through 429 )BC413 - 4296 - 10
66chain 'B' and (resid 430 through 438 )BC430 - 43811 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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