PDB-8g8k: Crystal structure of Rv1916 (residues 233-398)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g8k

タイトル

Crystal structure of Rv1916 (residues 233-398)

要素

Putative isocitrate lyase subunit B

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Isocitrate lyase / tuberculosis

機能・相同性

isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / carboxylic acid metabolic process / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative isocitrate lyase subunit B

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Kwai, B.X.C. / Bashiri, G. / Leung, I.K.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Rv1916 is an Acetyl-CoA-Binding Protein.
著者: Huang, E.Y. / Kwai, B.X.C. / Bhusal, R.P. / Bashiri, G. / Leung, I.K.H.

履歴

登録	2023年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g8k.cif.gz	52 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g8k.ent.gz	34.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8g8k_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8g8k_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8g8k_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	8g8k_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative isocitrate lyase subunit B

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.046, 86.046, 73.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Putative isocitrate lyase subunit B / ICL / Isocitrase / Isocitratase 分子量: 18850.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: aceAb, Rv1916, RVBD_1916, LH57_10435, P425_01981 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O07717, isocitrate lyase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 85 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→46.89 Å / Num. obs: 41501 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / Num. unique obs: 2033 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→46.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.193 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	2110	5.092 %	RANDOM
R_work	0.1702	39325	-	-
all	0.171	-	-	-
obs	-	41435	99.993 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.503 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.534 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.534 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.068 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→46.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1328	0	27	89	1444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.662	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.603	1.577	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.946	5	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.09	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.632	10	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.44	10	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	326
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	806
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.27	2.536	653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.27	2.535	653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.299	4.54	816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.301	4.54	817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.531	3.081	742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.528	3.087	743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.718	5.362	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.715	5.367	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.637	25.6	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.625	25.444	1538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.58	0.281	140	0.278	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.623	0.244	134	0.265	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.9659
1.623-1.67	0.252	156	0.235	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.722	0.238	152	0.216	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.722-1.778	0.217	144	0.19	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.778-1.84	0.192	128	0.17	2491	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.91	0.19	114	0.16	2419	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.987	0.174	122	0.154	2311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.987-2.076	0.165	124	0.151	2197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.076-2.177	0.194	120	0.145	2129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.177-2.294	0.188	110	0.139	2027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.433	0.186	94	0.15	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.433-2.6	0.175	100	0.152	1812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.808	0.206	97	0.161	1683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.808-3.075	0.194	88	0.169	1584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.075-3.436	0.198	85	0.183	1420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.436-3.964	0.209	72	0.186	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.964-4.846	0.135	55	0.14	1100	X-RAY DIFFRACTION	100
4.846-6.818	0.182	43	0.201	879	X-RAY DIFFRACTION	100
6.818-46.89	0.199	32	0.182	533	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)