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- PDB-8g8d: Crystal structure of DH1346 Fab in complex with HIV proximal MPER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g8d
タイトルCrystal structure of DH1346 Fab in complex with HIV proximal MPER peptide
要素
  • DH1346 heavy chain
  • DH1346 light chain
  • gp41 MPER peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / Neutralizing Antibody / MPER / gp41
機能・相同性FLUORIDE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Niyongabo, A. / Janus, B.M. / Ofek, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Vaccine induction of heterologous HIV-1-neutralizing antibody B cell lineages in humans.
著者: Wilton B Williams / S Munir Alam / Gilad Ofek / Nathaniel Erdmann / David C Montefiori / Michael S Seaman / Kshitij Wagh / Bette Korber / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Amanda Eaton / ...著者: Wilton B Williams / S Munir Alam / Gilad Ofek / Nathaniel Erdmann / David C Montefiori / Michael S Seaman / Kshitij Wagh / Bette Korber / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Amanda Eaton / Derek W Cain / Mitchell Martin / JongIn Hwang / Aria Arus-Altuz / Xiaozhi Lu / Fangping Cai / Nolan Jamieson / Robert Parks / Maggie Barr / Andrew Foulger / Kara Anasti / Parth Patel / Salam Sammour / Ruth J Parsons / Xiao Huang / Jared Lindenberger / Susan Fetics / Katarzyna Janowska / Aurelie Niyongabo / Benjamin M Janus / Anagh Astavans / Christopher B Fox / Ipsita Mohanty / Tyler Evangelous / Yue Chen / Madison Berry / Helene Kirshner / Elizabeth Van Itallie / Kevin O Saunders / Kevin Wiehe / Kristen W Cohen / M Juliana McElrath / Lawrence Corey / Priyamvada Acharya / Stephen R Walsh / Lindsey R Baden / Barton F Haynes /
要旨: A critical roadblock to HIV vaccine development is the inability to induce B cell lineages of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans. In people living with HIV-1, bnAbs take years to ...A critical roadblock to HIV vaccine development is the inability to induce B cell lineages of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans. In people living with HIV-1, bnAbs take years to develop. The HVTN 133 clinical trial studied a peptide/liposome immunogen targeting B cell lineages of HIV-1 envelope (Env) membrane-proximal external region (MPER) bnAbs (NCT03934541). Here, we report MPER peptide-liposome induction of polyclonal HIV-1 B cell lineages of mature bnAbs and their precursors, the most potent of which neutralized 15% of global tier 2 HIV-1 strains and 35% of clade B strains with lineage initiation after the second immunization. Neutralization was enhanced by vaccine selection of improbable mutations that increased antibody binding to gp41 and lipids. This study demonstrates proof of concept for rapid vaccine induction of human B cell lineages with heterologous neutralizing activity and selection of antibody improbable mutations and outlines a path for successful HIV-1 vaccine development.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH1346 heavy chain
L: DH1346 light chain
P: gp41 MPER peptide
A: DH1346 heavy chain
B: DH1346 light chain
C: gp41 MPER peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,86217
ポリマ－104,6136
非ポリマー24911
水8,071448
1
H: DH1346 heavy chain
L: DH1346 light chain
P: gp41 MPER peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,46310
ポリマ－52,3063
非ポリマー1577
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DH1346 heavy chain
B: DH1346 light chain
C: gp41 MPER peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3987
ポリマ－52,3063
非ポリマー924
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.069, 115.513, 231.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 抗体 / タンパク質・ペプチド , 3種, 6分子 HALBPC

#1: タンパク質 DH1346 heavy chain


分子量: 24642.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH1346 light chain


分子量: 23203.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド gp41 MPER peptide


分子量: 4460.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
非ポリマー , 3種, 459分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25% PEG 1500, 0.1M Sodium acetate/acetic acid pH4.5, 30% MPD, and 30% dextran sulfate sodium salt

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→37.98 Å / Num. obs: 67030 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.02→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 5929

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→37.98 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 5094 7.6 %
Rwork0.1978 --
obs0.2005 67012 91.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→37.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7113 0 11 448 7572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3642531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.050.30141300.26741586X-RAY DIFFRACTION71
2.05-2.070.29971560.2531924X-RAY DIFFRACTION88
2.07-2.10.30581620.24891965X-RAY DIFFRACTION89
2.1-2.120.30381600.23871965X-RAY DIFFRACTION88
2.12-2.150.26291660.2332005X-RAY DIFFRACTION88
2.15-2.180.2651610.2371963X-RAY DIFFRACTION89
2.18-2.210.25761580.23561937X-RAY DIFFRACTION89
2.21-2.250.2721650.23131983X-RAY DIFFRACTION90
2.25-2.280.291650.22662005X-RAY DIFFRACTION88
2.28-2.320.26211590.22011943X-RAY DIFFRACTION89
2.32-2.360.27981620.21571968X-RAY DIFFRACTION88
2.36-2.40.27011650.22151996X-RAY DIFFRACTION90
2.4-2.450.25921680.22132028X-RAY DIFFRACTION91
2.45-2.50.27631650.2272000X-RAY DIFFRACTION91
2.5-2.550.26111580.2181907X-RAY DIFFRACTION85
2.55-2.610.25781630.2121985X-RAY DIFFRACTION89
2.61-2.680.22131750.21232128X-RAY DIFFRACTION96
2.68-2.750.27351800.21442193X-RAY DIFFRACTION97
2.75-2.830.24251790.21382141X-RAY DIFFRACTION97
2.83-2.920.20831890.20082250X-RAY DIFFRACTION99
2.92-3.020.24681760.19822168X-RAY DIFFRACTION98
3.02-3.150.22031850.19672275X-RAY DIFFRACTION99
3.15-3.290.21971790.19952185X-RAY DIFFRACTION99
3.29-3.460.24181800.19542208X-RAY DIFFRACTION96
3.46-3.680.23731760.18352117X-RAY DIFFRACTION93
3.68-3.960.18991680.17682084X-RAY DIFFRACTION92
3.96-4.360.19491820.16172238X-RAY DIFFRACTION97
4.36-4.990.18651790.15372160X-RAY DIFFRACTION94
4.99-6.280.20921900.18472281X-RAY DIFFRACTION97
6.28-37.980.2511930.20362330X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16620.3758-0.90851.36270.36541.4844-0.04560.3644-0.0509-0.0863-0.0260.17880.0324-0.39120.06930.165-0.0136-0.02930.3516-0.00630.2226-4.18214.558-33.52
22.2755-0.3797-2.45570.88170.33843.2645-0.04660.16750.0156-0.02620.02990.04240.0812-0.1022-0.00710.1352-0.0389-0.01570.2238-0.01520.1957-1.34915.738-26.96
31.44011.399-0.86424.60840.87950.6340.1401-0.0791-0.2494-0.0048-0.0030.01260.08380.0593-0.12340.3748-0.1026-0.14540.26180.07720.30327.008-9.175-48.936
42.4992-0.9928-1.72863.64220.17612.5572-0.4666-0.2044-0.49890.6960.06290.23970.80380.16360.28520.49950.00570.16470.2870.06740.3101-3.5420.207-13.876
50.1329-0.36420.25470.1589-0.19660.3156-0.67410.116-0.1331.36980.13090.61811.05060.42090.31880.7710.14650.29380.2892-0.00420.35583.87-8.121-20.418
61.9753-1.57321.29986.0146-2.39765.6321-0.95360.4441.01432.4407-0.471-1.2866-2.06480.82640.1380.802-0.0749-0.3360.2820.06180.474719.509-16.406-42.011
73.64061.61622.31183.18260.49882.02210.2231-0.4666-0.11870.5084-0.1584-0.0328-0.39-0.11030.07810.3322-0.07690.07160.3904-0.00270.2308-8.03923.699-4.065
83.0158-0.49590.17192.59451.0753.0108-0.1093-0.30220.57120.21460.0499-0.32360.0638-0.11110.02050.18-0.00780.00910.2133-0.03880.2184.483-12.955-73.689
94.43560.9630.36912.81530.57641.96490.0060.08750.15560.0755-0.04970.3406-0.1215-0.5240.05350.16760.0112-0.00590.3009-0.0780.2642-4.442-14.983-81.456
101.1298-0.10951.44163.6611-0.0333.1084-0.070.1043-0.3418-0.2151-0.0674-0.31250.099-0.00190.05830.13990.0130.02490.2427-0.05660.25541.63-20.011-85.457
112.00840.10231.92112.11960.06863.55660.05360.1304-0.0862-0.1138-0.0356-0.17360.0282-0.0101-0.07030.17190.00530.00040.2071-0.07220.22313.158-15.485-82.525
123.54060.05322.51.5010.7286.4727-0.32540.02350.2898-0.4831-0.29110.353-0.6524-0.63550.63860.24870.0268-0.04830.2543-0.00420.252-7.332-11.638-96.223
132.0948-1.5222-1.48931.96840.37691.5675-0.01910.1707-0.36930.53280.3241-0.527-0.10710.4483-0.19790.28850.0442-0.14790.252-0.06080.397114.961-9.253-69.497
145.24870.00141.5580.14490.79034.48770.01210.36461.62670.1416-0.5034-0.993-0.74690.02320.4680.220.03740.02010.3001-0.00360.580210.71519.024-62.027
151.13020.48850.04164.64491.98683.08690.11310.0982-0.0754-0.0854-0.05190.12410.0321-0.0812-0.06060.13950.0148-0.03260.19660.01040.20148.9918.358-67.941
164.9996-2.5853-1.54342.84963.60284.69670.2321-0.1776-0.04890.2289-0.17610.15360.1558-0.2751-0.03290.1251-0.02650.00330.20430.01150.16024.1387.323-59.838
172.77021.47960.99787.6082-0.19492.3623-0.20950.64520.1969-1.69110.0112-0.6763-1.07370.57620.21630.9412-0.26630.00370.5683-0.00170.30657.0164.818-100.272
181.72051.74930.58084.81870.00372.3548-0.43740.12130.0462-0.65430.0620.2871-0.47090.32140.18860.4051-0.0228-0.11310.29260.02060.22150.492-3.257-97.761
192.23270.5096-0.73313.4289-0.58411.099-0.37450.53590.1947-0.99740.08530.6585-0.778-0.31910.15190.7564-0.0169-0.27550.43530.08990.4415-6.0671.026-100.734
202.71641.54071.40637.70170.39563.4033-0.25860.27710.1997-0.5119-0.0264-0.1713-0.67780.3580.18650.3019-0.0959-0.05760.35040.00990.18991.844-4.061-96.514
210.33360.37840.34050.72410.40441.2901-0.5595-0.22150.1152-0.8940.14770.1521-0.74050.19750.32530.53-0.0916-0.22360.3668-0.04840.36646.9417.59-92.373
224.387-1.45682.15794.3143-3.84033.96890.0855-0.6617-0.03320.0144-0.1474-0.16310.2796-0.06180.12120.2621-0.0329-0.02490.2707-0.00450.243518.06213.944-59.478
235.6322-0.89213.01873.5799-1.41272.5591-0.14810.33520.1927-0.99660.1936-0.01710.26290.25560.1210.3997-0.0632-0.02750.2158-0.00910.223818.25818.063-75.209
246.41551.66121.18215.3273-0.47726.1231-0.3235-0.0373-0.0223-0.52040.16160.1954-0.2726-0.22690.10250.3763-0.01130.00450.2688-0.01610.178418.16614.974-75.873
255.05041.24641.5046.00711.02495.6714-0.1896-0.0145-0.032-0.0811-0.0199-0.5391-0.22040.8090.09130.1634-0.06040.04090.2258-0.01930.253423.4414-64.752
268.2517-1.93895.25999.1289-3.90364.86020.6597-0.2173-0.1681-0.55430.0246-0.69410.2504-0.2985-0.4340.1908-0.15690.05170.33150.03760.377524.82522.838-69.589
274.1668-0.23150.77227.0734-4.6413.1283-0.4344-0.09620.1055-0.3133-0.1275-0.076-1.096-0.07740.40660.3181-0.06110.00750.1936-0.04480.340521.04325.574-71.046
283.2109-1.5961-1.96993.90560.4187.17040.25820.40090.158-0.6056-0.4101-0.1083-0.0278-0.4230.18850.25790.0294-0.0470.35140.01380.2451-4.533-23.504-107.861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:40 )H1 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 41:133 )H41 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 134:214 )H134 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 3:97 )L3 - 97
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 98:116 )L98 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 117:209 )L117 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN P AND RESID 655:683 )P655 - 683
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 1:17 )A1 - 17
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 18:40 )A18 - 40
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 41:76 )A41 - 76
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 77:103 )A77 - 103
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 104:120 )A104 - 120
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 121:133 )A121 - 133
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 134:148 )A134 - 148
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 149:202 )A149 - 202
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 203:216 )A203 - 216
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 2:17 )B2 - 17
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 18:47 )B18 - 47
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 48:74 )B48 - 74
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 75:97 )B75 - 97
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 98:116 )B98 - 116
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN B AND RESID 117:132 )B117 - 132
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN B AND RESID 133:153 )B133 - 153
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN B AND RESID 154:174 )B154 - 174
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN B AND RESID 175:190 )B175 - 190
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN B AND RESID 191:200 )B191 - 200
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN B AND RESID 201:209 )B201 - 209
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN C AND RESID 655:683 )C655 - 683

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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