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- PDB-8g8c: Crystal structure of DH1322.1 Fab in complex with HIV proximal MP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g8c
タイトルCrystal structure of DH1322.1 Fab in complex with HIV proximal MPER peptide
要素
  • DH1322.1 heavy chain
  • DH1322.1 light chain
  • Env polyprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / Neutralizing Antibody / MPER / gp41
機能・相同性Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / viral envelope / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane / Env polyprotein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Niyongabo, A. / Janus, B.M. / Ofek, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Vaccine induction of heterologous HIV-1-neutralizing antibody B cell lineages in humans.
著者: Wilton B Williams / S Munir Alam / Gilad Ofek / Nathaniel Erdmann / David C Montefiori / Michael S Seaman / Kshitij Wagh / Bette Korber / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Amanda Eaton / ...著者: Wilton B Williams / S Munir Alam / Gilad Ofek / Nathaniel Erdmann / David C Montefiori / Michael S Seaman / Kshitij Wagh / Bette Korber / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Amanda Eaton / Derek W Cain / Mitchell Martin / JongIn Hwang / Aria Arus-Altuz / Xiaozhi Lu / Fangping Cai / Nolan Jamieson / Robert Parks / Maggie Barr / Andrew Foulger / Kara Anasti / Parth Patel / Salam Sammour / Ruth J Parsons / Xiao Huang / Jared Lindenberger / Susan Fetics / Katarzyna Janowska / Aurelie Niyongabo / Benjamin M Janus / Anagh Astavans / Christopher B Fox / Ipsita Mohanty / Tyler Evangelous / Yue Chen / Madison Berry / Helene Kirshner / Elizabeth Van Itallie / Kevin O Saunders / Kevin Wiehe / Kristen W Cohen / M Juliana McElrath / Lawrence Corey / Priyamvada Acharya / Stephen R Walsh / Lindsey R Baden / Barton F Haynes /
要旨: A critical roadblock to HIV vaccine development is the inability to induce B cell lineages of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans. In people living with HIV-1, bnAbs take years to ...A critical roadblock to HIV vaccine development is the inability to induce B cell lineages of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans. In people living with HIV-1, bnAbs take years to develop. The HVTN 133 clinical trial studied a peptide/liposome immunogen targeting B cell lineages of HIV-1 envelope (Env) membrane-proximal external region (MPER) bnAbs (NCT03934541). Here, we report MPER peptide-liposome induction of polyclonal HIV-1 B cell lineages of mature bnAbs and their precursors, the most potent of which neutralized 15% of global tier 2 HIV-1 strains and 35% of clade B strains with lineage initiation after the second immunization. Neutralization was enhanced by vaccine selection of improbable mutations that increased antibody binding to gp41 and lipids. This study demonstrates proof of concept for rapid vaccine induction of human B cell lineages with heterologous neutralizing activity and selection of antibody improbable mutations and outlines a path for successful HIV-1 vaccine development.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH1322.1 heavy chain
L: DH1322.1 light chain
A: DH1322.1 heavy chain
B: DH1322.1 light chain
C: Env polyprotein
P: Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3059
ポリマ－102,2766
非ポリマー1,0293
水5,332296
1
H: DH1322.1 heavy chain
L: DH1322.1 light chain
C: Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9465
ポリマ－51,1383
非ポリマー8082
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
2
A: DH1322.1 heavy chain
B: DH1322.1 light chain
P: Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3594
ポリマ－51,1383
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.308, 182.950, 84.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 / 抗体 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 4種, 302分子 HALBCP

#1: タンパク質 DH1322.1 heavy chain


分子量: 24715.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH1322.1 light chain


分子量: 23546.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Env polyprotein


分子量: 2876.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: A4UIY1
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 1500 and 0.1M SPG buffer pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→28.7 Å / Num. obs: 65739 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.08→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 5860

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→28.68 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 2023 3.08 %
Rwork0.1993 --
obs0.2002 65718 96.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→28.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6933 0 67 296 7296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2712536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.140.33281300.30033860X-RAY DIFFRACTION82
2.14-2.190.30611320.28134593X-RAY DIFFRACTION98
2.19-2.260.29181510.27294675X-RAY DIFFRACTION99
2.26-2.330.30981510.25794594X-RAY DIFFRACTION99
2.33-2.410.28691470.23614651X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.510.26121410.22314592X-RAY DIFFRACTION98
2.51-2.630.25131440.22534513X-RAY DIFFRACTION97
2.63-2.760.28991470.23624656X-RAY DIFFRACTION99
2.76-2.940.25251500.22594645X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.160.28441460.22884626X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.480.26121450.21214607X-RAY DIFFRACTION98
3.48-3.980.20441410.18174472X-RAY DIFFRACTION95
3.98-5.010.16621490.14344633X-RAY DIFFRACTION98
5.02-28.680.19531490.18384578X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.59690.31780.02247.3801-2.85924.2485-0.08640.2182-0.8104-0.3920.0757-1.02870.4010.17720.1680.3257-0.02790.07110.4657-0.15130.7219-17.0157-66.91619.2095
23.88752.0179-1.23666.8893-1.66534.0149-0.39640.5005-1.2625-0.91470.0562-0.74110.71570.0470.27640.4103-0.02920.13930.3929-0.11690.711-24.6489-73.426210.5818
31.75491.38730.87781.63550.15060.7081-0.06140.10770.02390.0214-0.00680.1872-0.211-0.17070.08150.41340.0350.0610.44120.06250.2789-19.1813-39.943114.2162
42.01072.09211.08253.4313.1014.3457-0.020.0782-0.03690.11670.12960.0129-0.0626-0.1747-0.09580.41270.06210.03180.490.06010.2805-14.4774-43.15215.2567
52.75612.71941.87719.04586.2637.49070.1262-0.26530.23580.8735-0.00370.1658-0.0311-0.2884-0.0750.50230.02670.10020.45180.00810.3203-16.2877-34.059424.0197
62.8537-1.4454-2.28287.00467.48249.57980.20390.1350.2439-0.6127-0.12-0.085-0.91960.251-0.09080.4144-0.00060.04160.36540.07750.2398-8.9603-32.50214.6287
72.1091-7.3198-1.2188.1142.17516.41840.4776-0.86811.890.97550.0065-0.4866-0.71350.2859-0.6190.8212-0.12550.08390.4152-0.11890.795113.6405-9.097129.9111
85.0017-2.29390.96541.0994-0.08684.1982-0.12280.1925-0.44170.772-0.06070.00051.1635-0.13720.08160.8509-0.0930.14760.41380.12471.0825-31.2685-88.916726.899
93.27432.58360.21018.037-1.44645.72530.2228-0.3021-0.39170.8212-0.1569-1.05850.3430.7896-0.08480.46030.1095-0.1720.5245-0.1170.436422.7811-30.463435.4159
102.0090.16120.42294.9030.94751.50490.255-0.3415-0.06810.7866-0.0041-0.04360.0929-0.1579-0.30160.4399-0.0274-0.03570.4225-0.03340.259113.9503-30.170332.2515
114.13191.30210.01284.7764-1.01094.20.458-0.1846-1.09591.1114-0.3765-1.4830.48510.6913-0.1730.6314-0.0449-0.33750.5240.0790.986614.0097-62.5326.1566
124.0693-1.9462-3.06467.40167.4388.17270.08170.29990.3457-0.5681-0.16740.1548-0.6842-0.13350.12140.38280.065-0.07380.52430.04240.28533.8954-31.66410.799
133.41281.4632-0.27317.67243.56026.0897-0.00810.32890.0923-0.34690.265-0.2442-0.2870.5144-0.33030.2442-0.0341-0.01560.40820.00550.249414.532-26.065614.8697
142.46120.9749-0.47687.16483.78655.69570.03320.31890.2577-0.38770.06130.2162-0.3604-0.0784-0.0410.21750.0104-0.01450.34190.04180.20539.7832-27.230513.9097
152.28071.85110.02734.03212.24351.31160.09410.336-0.5832-0.1748-0.2059-0.30790.0237-0.11310.02840.28530.0324-0.01460.4391-0.09120.38423.7829-53.915913.4829
162.81111.40870.63455.1677-1.71116.42740.5754-0.7908-0.68441.3733-0.6787-0.11420.6570.4711-0.03280.8741-0.2224-0.1310.57810.05650.6812.3293-66.443128.9763
172.28312.2405-0.43316.3863-1.74244.31170.1490.0524-0.25670.4518-0.07620.5571-0.0115-0.0577-0.10260.3369-0.00560.0080.3526-0.08940.4054-3.4168-55.868915.903
183.85474.22680.01365.9967-0.40112.26230.7326-0.28570.00741.2424-0.71951.1350.4794-0.2069-0.1290.7644-0.04380.19730.5402-0.09930.6912-7.5577-58.815325.7988
193.02692.93060.05336.9667-1.48814.69910.3778-0.0365-0.64250.7694-0.27050.0140.426-0.3565-0.07190.4586-0.0252-0.00230.4067-0.12930.5888-2.2616-62.869319.7496
203.40181.8414-1.65616.39210.11224.90220.1121-0.2725-0.66080.309-0.0779-0.02160.1147-0.21-0.08630.30990.0231-0.0050.35230.13110.5045-36.3429-71.509326.4763
214.63891.8407-0.88555.5742-1.7888.36230.08960.08620.57080.2722-0.04940.7902-0.5048-0.7955-0.03490.35820.09010.09120.4606-0.06120.4027-31.0513-35.615518.2202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 18 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 19 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 99 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 140 through 172 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 173 through 188 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 189 through 213 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 655 through 670 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'P' and (resid 655 through 672 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 1 through 33 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 34 through 132 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 133 through 211 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 25 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 26 through 61 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 62 through 98 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 99 through 121 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 122 through 137 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 138 through 150 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 151 through 163 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 164 through 213 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 1 through 111 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 112 through 212 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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