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- PDB-8g8a: Crystal structure of DH1317.8 Fab in complex with HIV proximal MP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g8a
タイトルCrystal structure of DH1317.8 Fab in complex with HIV proximal MPER peptide
要素
  • DH1317.8 heavy chain
  • DH1317.8 light chain
  • Env polyprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / Neutralizing Antibody / MPER / gp41
機能・相同性Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane / Env polyprotein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Janus, B.M. / Astavans, A. / Ofek, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Vaccine induction of heterologous HIV-1-neutralizing antibody B cell lineages in humans.
著者: Williams, W.B. / Alam, S.M. / Ofek, G. / Erdmann, N. / Montefiori, D.C. / Seaman, M.S. / Wagh, K. / Korber, B. / Edwards, R.J. / Mansouri, K. / Eaton, A. / Cain, D.W. / Martin, M. / Hwang, J. ...著者: Williams, W.B. / Alam, S.M. / Ofek, G. / Erdmann, N. / Montefiori, D.C. / Seaman, M.S. / Wagh, K. / Korber, B. / Edwards, R.J. / Mansouri, K. / Eaton, A. / Cain, D.W. / Martin, M. / Hwang, J. / Arus-Altuz, A. / Lu, X. / Cai, F. / Jamieson, N. / Parks, R. / Barr, M. / Foulger, A. / Anasti, K. / Patel, P. / Sammour, S. / Parsons, R.J. / Huang, X. / Lindenberger, J. / Fetics, S. / Janowska, K. / Niyongabo, A. / Janus, B.M. / Astavans, A. / Fox, C.B. / Mohanty, I. / Evangelous, T. / Chen, Y. / Berry, M. / Kirshner, H. / Van Itallie, E. / Saunders, K.O. / Wiehe, K. / Cohen, K.W. / McElrath, M.J. / Corey, L. / Acharya, P. / Walsh, S.R. / Baden, L.R. / Haynes, B.F.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DH1317.8 heavy chain
B: DH1317.8 light chain
H: DH1317.8 heavy chain
L: DH1317.8 light chain
C: Env polyprotein
P: Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,76012
ポリマ－100,2266
非ポリマー5346
水77543
1
A: DH1317.8 heavy chain
B: DH1317.8 light chain
C: Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3344
ポリマ－50,1133
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: DH1317.8 heavy chain
L: DH1317.8 light chain
P: Env polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4268
ポリマ－50,1133
非ポリマー3135
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.976, 63.840, 111.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 4種, 8分子 AHBLCP

#1: タンパク質 DH1317.8 heavy chain


分子量: 24009.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH1317.8 light chain


分子量: 23599.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Env polyprotein


分子量: 2503.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q69910
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 47分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20.1% Isopropanol, 10.05% PEG 8000, and 0.1M Imidazole/Hydrochloric acid pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 40649 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 3324 / % possible all: 77.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NRX

4nrx


解像度: 2.44→41.89 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 2000 4.93 %
Rwork0.2221 --
obs0.2238 40608 94.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→41.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6823 0 32 43 6898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5882480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761085
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.50.44591100.43912126X-RAY DIFFRACTION74
2.5-2.570.43311300.39512511X-RAY DIFFRACTION86
2.57-2.650.38341390.3492679X-RAY DIFFRACTION93
2.65-2.730.37361450.32972794X-RAY DIFFRACTION97
2.73-2.830.34991440.30752780X-RAY DIFFRACTION96
2.83-2.940.3191460.29582811X-RAY DIFFRACTION96
2.94-3.080.31971470.30482840X-RAY DIFFRACTION99
3.08-3.240.33281470.2822849X-RAY DIFFRACTION98
3.24-3.440.28821460.24432823X-RAY DIFFRACTION97
3.44-3.710.26521460.23052825X-RAY DIFFRACTION97
3.71-4.080.26511490.2192854X-RAY DIFFRACTION98
4.08-4.670.20061480.17832856X-RAY DIFFRACTION97
4.67-5.880.19921500.1722924X-RAY DIFFRACTION100
5.88-41.890.20741530.17382936X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.23142.6127-7.96847.0879-1.50668.4927-0.8787-1.1758-1.36291.4892-0.0394-0.38720.78081.37140.72870.7760.1655-0.15550.71580.1110.600868.094613.43529.6066
29.3763.93631.50429.1433-0.56396.61570.3306-0.68980.07350.7538-0.187-0.969-0.15341.0375-0.14610.5472-0.02270.0890.6245-0.06550.585275.315618.189621.7761
35.98431.4984-1.76575.229-0.26219.18040.5543-0.63061.23660.4995-0.24790.0227-1.69510.7194-0.27481.0166-0.12840.26130.54060.01380.661569.630324.507522.9931
49.05663.4453-1.46377.3337-0.68334.35410.6247-0.07981.18170.4405-0.14070.6729-1.26230.1197-0.47170.7552-0.03480.06970.35980.07380.599565.682719.422822.0671
59.25144.2429-4.50459.1732-4.55245.7032-0.48590.3233-0.3218-1.2187-0.1212-1.02080.69550.6230.50590.6081-0.01590.15140.4077-0.04010.533270.535218.007914.6428
61.36430.5806-0.45066.21910.36822.516-0.36560.0491-0.8113-0.2445-0.0676-0.98321.30860.38960.40381.03350.11320.35730.54420.03760.909360.9057-8.835728.0741
78.66957.24231.32188.14250.73844.5160.342-0.8866-2.34060.5318-0.7102-2.52870.8160.20450.39521.42680.25870.21810.76040.28571.128664.7479-13.497834.7047
86.946-1.3778-1.00188.97141.86787.6304-0.04781.15320.3922-1.4737-0.12560.25720.0042-1.58720.14470.7149-0.1138-0.05640.89820.17360.452958.097212.2588-0.4498
96.90970.8935-1.66476.64750.246510.5497-0.08570.5601-0.1503-1.3476-0.0219-0.61570.53060.10130.08670.69310.03180.14850.44630.00980.477768.945914.20361.7105
105.32983.1478-0.07322.24930.723510.0521-0.01350.1764-0.0886-0.6075-0.19460.16830.064-0.53520.17860.50550.04110.14270.55220.10240.489764.525514.91376.0087
113.96334.279-0.32844.3713-0.1867-0.0278-0.80942.3809-0.4457-1.2068-0.00850.822.0029-1.8490.39611.825-0.6660.34850.857-0.44750.852255.8483-5.81783.4714
123.28640.16380.69181.05161.72433.6614-0.22340.1916-0.53810.03150.39630.12230.2136-0.1635-0.17621.4168-0.20940.38270.5854-0.07851.014949.3517-14.10222.7146
134.2756-0.4377-1.85962.93310.87936.6246-0.6770.3956-0.8091-0.62010.30370.38341.182-0.78190.36261.0564-0.19650.24530.5731-0.14150.927446.0284-14.651821.0429
143.1801-0.267-1.17762.51010.705110.43290.16250.43040.1489-0.2687-0.17660.6472-0.3275-1.41090.00620.56020.0579-0.03110.5988-0.14170.65819.84617.470624.872
156.8698-0.3095-0.75453.40050.44012.41730.09050.06550.3840.2376-0.1011-0.0781-0.0175-0.08840.00740.73360.02480.16380.3847-0.01590.412131.478525.694946.466
168.40260.63261.72131.1746-0.04072.4631-0.27510.9863-1.481-0.32640.2371-0.03480.6262-0.14160.04961.0028-0.08250.18310.5492-0.17380.626626.68842.811516.4101
177.9588-0.73882.23650.6012-0.56997.4366-0.32720.38510.7055-0.0064-0.1339-0.0146-0.9770.23290.46830.8853-0.03540.06560.3635-0.00880.511228.286716.009815.0433
186.3199-1.02250.23161.6690.03431.9874-0.22741.0738-0.6638-0.72360.0810.03120.0362-0.19540.16650.8479-0.10580.08880.5419-0.13470.450125.45196.699715.7169
196.45113.71046.44813.67472.20746.03220.05560.4985-0.8496-0.22680.3881-0.647-0.13260.3939-0.34380.6583-0.00210.17380.4291-0.06870.544842.24147.891230.7723
202.09970.1908-1.20621.8114-0.22348.21160.3125-0.1160.2623-0.0688-0.0828-0.0943-0.56250.0705-0.21810.5899-0.07790.1270.36260.01310.433937.228112.933652.3665
212.2538-0.6367-2.15942.15590.6866.07090.0144-0.2150.104-0.0924-0.0707-0.1983-0.41440.42330.03190.495-0.10150.05470.35820.00750.497740.5312.971651.9375
226.8689-4.46422.42366.06984.00849.87870.4407-1.43982.5724-0.9903-0.0863-1.0130.50590.1354-0.30661.6197-0.30380.44520.7943-0.23851.146578.381532.952210.9983
237.22851.05671.76986.06590.99577.2371-1.5077-1.18430.92990.10561.77830.84860.7560.7106-0.4380.78670.2393-0.08591.62210.00810.77854.636211.64814.8325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 82 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 97 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 98 through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 112 through 203 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 204 through 214 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 25 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 26 through 75 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 76 through 101 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 102 through 113 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 114 through 150 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 151 through 213 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 1 through 119 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 120 through 216 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 1 through 38 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 39 through 61 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 62 through 101 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 102 through 113 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 114 through 163 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resid 164 through 214 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 655 through 668 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'P' and (resid 656 through 670 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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