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Yorodumi- PDB-8g8a: Crystal structure of DH1317.8 Fab in complex with HIV proximal MP... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g8a | ||||||
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Title | Crystal structure of DH1317.8 Fab in complex with HIV proximal MPER peptide | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HIV / Neutralizing Antibody / MPER / gp41 | ||||||
Function / homology | Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane / Env polyprotein Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.44 Å | ||||||
Authors | Janus, B.M. / Astavans, A. / Ofek, G. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2024 Title: Vaccine induction of heterologous HIV-1-neutralizing antibody B cell lineages in humans. Authors: Wilton B Williams / S Munir Alam / Gilad Ofek / Nathaniel Erdmann / David C Montefiori / Michael S Seaman / Kshitij Wagh / Bette Korber / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Amanda Eaton ...Authors: Wilton B Williams / S Munir Alam / Gilad Ofek / Nathaniel Erdmann / David C Montefiori / Michael S Seaman / Kshitij Wagh / Bette Korber / Robert J Edwards / Katayoun Mansouri / Amanda Eaton / Derek W Cain / Mitchell Martin / JongIn Hwang / Aria Arus-Altuz / Xiaozhi Lu / Fangping Cai / Nolan Jamieson / Robert Parks / Maggie Barr / Andrew Foulger / Kara Anasti / Parth Patel / Salam Sammour / Ruth J Parsons / Xiao Huang / Jared Lindenberger / Susan Fetics / Katarzyna Janowska / Aurelie Niyongabo / Benjamin M Janus / Anagh Astavans / Christopher B Fox / Ipsita Mohanty / Tyler Evangelous / Yue Chen / Madison Berry / Helene Kirshner / Elizabeth Van Itallie / Kevin O Saunders / Kevin Wiehe / Kristen W Cohen / M Juliana McElrath / Lawrence Corey / Priyamvada Acharya / Stephen R Walsh / Lindsey R Baden / Barton F Haynes / Abstract: A critical roadblock to HIV vaccine development is the inability to induce B cell lineages of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans. In people living with HIV-1, bnAbs take years to ...A critical roadblock to HIV vaccine development is the inability to induce B cell lineages of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans. In people living with HIV-1, bnAbs take years to develop. The HVTN 133 clinical trial studied a peptide/liposome immunogen targeting B cell lineages of HIV-1 envelope (Env) membrane-proximal external region (MPER) bnAbs (NCT03934541). Here, we report MPER peptide-liposome induction of polyclonal HIV-1 B cell lineages of mature bnAbs and their precursors, the most potent of which neutralized 15% of global tier 2 HIV-1 strains and 35% of clade B strains with lineage initiation after the second immunization. Neutralization was enhanced by vaccine selection of improbable mutations that increased antibody binding to gp41 and lipids. This study demonstrates proof of concept for rapid vaccine induction of human B cell lineages with heterologous neutralizing activity and selection of antibody improbable mutations and outlines a path for successful HIV-1 vaccine development. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8g8a.cif.gz | 504.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8g8a.ent.gz | 425 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8g8a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8g8a_validation.pdf.gz | 483 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8g8a_full_validation.pdf.gz | 492.7 KB | Display | |
Data in XML | 8g8a_validation.xml.gz | 32.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8g8a_validation.cif.gz | 44.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g8a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8g8cC 8g8dC 4nrxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Antibody / Protein/peptide / Sugars , 4 types, 8 molecules AHBLCP
#1: Protein | Mass: 24009.912 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23599.211 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein/peptide | Mass: 2503.716 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Human immunodeficiency virus 1 / References: UniProt: Q69910 #4: Sugar | |
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-Non-polymers , 2 types, 47 molecules
#5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 20.1% Isopropanol, 10.05% PEG 8000, and 0.1M Imidazole/Hydrochloric acid pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 23, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.44→50 Å / Num. obs: 40649 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.44→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 3324 / % possible all: 77.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NRX Resolution: 2.44→41.89 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 32.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.44→41.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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