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- PDB-8g82: Vancomycin bound to D-Ala-D-Ser -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g82
タイトルVancomycin bound to D-Ala-D-Ser
要素
  • D-Ala-D-Ser
  • Vancomycin
キーワードANTIBIOTIC / Antibiotic resistance
機能・相同性beta-D-glucopyranose / BORIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / vancosamine / polypeptide(D)
機能・相同性情報
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Loll, P.J. / Park, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI148679 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of vancomycin bound to the resistance determinant D-alanine-D-serine.
著者: Park, J.H. / Reviello, R.E. / Loll, P.J.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vancomycin
B: Vancomycin
C: Vancomycin
D: Vancomycin
E: Vancomycin
F: Vancomycin
G: Vancomycin
H: Vancomycin
I: Vancomycin
J: Vancomycin
K: D-Ala-D-Ser
L: D-Ala-D-Ser
M: D-Ala-D-Ser
N: D-Ala-D-Ser
O: D-Ala-D-Ser
P: D-Ala-D-Ser
Q: D-Ala-D-Ser
R: D-Ala-D-Ser
S: D-Ala-D-Ser
T: D-Ala-D-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,43940
ポリマ－13,52220
非ポリマー3,91820
水4,648258
1
A: Vancomycin
B: Vancomycin
K: D-Ala-D-Ser
L: D-Ala-D-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5017
ポリマ－2,7044
非ポリマー7973
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Vancomycin
D: Vancomycin
M: D-Ala-D-Ser
N: D-Ala-D-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4137
ポリマ－2,7044
非ポリマー7093
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Vancomycin
F: Vancomycin
O: D-Ala-D-Ser
P: D-Ala-D-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4137
ポリマ－2,7044
非ポリマー7093
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Vancomycin
H: Vancomycin
Q: D-Ala-D-Ser
R: D-Ala-D-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,62111
ポリマ－2,7044
非ポリマー9177
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Vancomycin
J: Vancomycin
S: D-Ala-D-Ser
T: D-Ala-D-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4918
ポリマ－2,7044
非ポリマー7874
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.490, 71.150, 82.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質・ペプチド / Polypeptide(D) , 2種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRST

#1: タンパク質・ペプチド
Vancomycin


分子量: 1149.977 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
#2: Polypeptide(D)
D-Ala-D-Ser


分子量: 202.209 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 3種, 12分子

#3: 多糖
vancosamine-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 323.340 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][ad621m-1a_1-5_3*C_3*N]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(2+1)][a-L-2-deoxy-Fucp3N]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-RER / vancosamine / (1R,3S,4S,5S)-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 161.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H15NO3 / コメント: 抗生剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 266分子

#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: BH3O3
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE MADE OF D-GLUCOSE AND VANCOSAMINE. HERE, VANCOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOUGHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE TWO LIGANDS (HET) BGC AND RER.
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 / 詳細: 25% PEG 1500, 100 mM MIB buffer pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92133605558445 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92133605558445 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→26.54 Å / Num. obs: 53037 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 13.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.49
反射 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / 冗長度: 3.06 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 59.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→26.53 Å / SU ML: 0.099 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.109
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 2000 3.77 %random
Rwork0.153 ---
obs0.154 53028 93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→26.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1010 0 188 258 1456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7571802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d54.602491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.230.2923910.23252323X-RAY DIFFRACTION60
1.23-1.260.21541060.20062703X-RAY DIFFRACTION70
1.26-1.30.20651280.18273252X-RAY DIFFRACTION84
1.3-1.340.21411460.16173747X-RAY DIFFRACTION97
1.34-1.390.19241500.14823812X-RAY DIFFRACTION99
1.39-1.450.16021520.13223876X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.510.16811500.13223845X-RAY DIFFRACTION99
1.51-1.590.18581520.12353866X-RAY DIFFRACTION99
1.59-1.690.15371530.12673897X-RAY DIFFRACTION99
1.69-1.820.19371520.13573872X-RAY DIFFRACTION99
1.82-2.010.15361520.13553912X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.30.15191540.14273925X-RAY DIFFRACTION99
2.3-2.890.18551560.16363943X-RAY DIFFRACTION99
2.89-26.530.16031580.16614055X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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