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- PDB-8g6p: Crystal structure of Mycobacterium thermoresistibile MurE in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g6p
タイトルCrystal structure of Mycobacterium thermoresistibile MurE in complex with ADP and 2,6-Diaminopimelic acid
要素UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase
キーワードLIGASE / ADP-binding ligase / cell wall biosynthesis / MurE / M-dap complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / cell cycle / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium thermoresistibile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Rossini, N.O. / Silva, C.S. / Dias, M.V.B.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP) ブラジル
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: The crystal structure of Mycobacterium thermoresistibile MurE ligase reveals the binding mode of the substrate m-diaminopimelate.
著者: Rossini, N.O. / Silva, C. / Dias, M.V.B.
履歴
登録2023年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,10612
ポリマ－52,8641
非ポリマー1,24311
水11,205622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.792, 62.792, 238.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1500-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase


分子量: 52863.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium thermoresistibile (バクテリア)
遺伝子: murE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A100XI70

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非ポリマー , 5種, 633分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, magnesium chloride, TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→47.65 Å / Num. obs: 85597 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 15.63 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 2.068 / Num. measured all: 97415 / Num. unique obs: 4330 / CC1/2: 0.659 / Rpim(I) all: 0.438 / Rrim(I) all: 2.115 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→44.4 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1899 4275 5 %
Rwork0.1699 --
obs0.1709 85462 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3708 0 79 622 4409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8945424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3911466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008727
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.31021530.28292569X-RAY DIFFRACTION97
1.47-1.480.28351430.26432574X-RAY DIFFRACTION97
1.48-1.50.26881410.24422610X-RAY DIFFRACTION98
1.5-1.520.2261460.23392641X-RAY DIFFRACTION99
1.52-1.540.26341330.22292662X-RAY DIFFRACTION99
1.54-1.560.25081240.20742678X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.580.20171580.19022645X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.610.22581370.18522716X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.630.22191230.18542656X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.660.19941400.17862673X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.21331570.17362666X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.720.19341390.17542665X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.20351400.17772707X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.790.20151440.17952684X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.830.21511360.17732663X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.19391460.182715X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.920.17931350.16492690X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.970.19471420.15532734X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.030.15961220.15922717X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.090.19051570.15532682X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.170.17921430.15592724X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.250.17751410.1612700X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.360.16221350.16632714X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.480.21311240.16722761X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.630.19031430.17282750X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.840.1941340.16942777X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.120.18821610.17032751X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.580.18311400.15392802X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.50.17441630.13942850X-RAY DIFFRACTION100
4.5-44.40.16711750.18293011X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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