+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g64 | ||||||
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Title | Heme-bound flavodoxin FldH from Fusobacterium nucleatum | ||||||
Components | Flavodoxin | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / anaerobilin / FMN-containing flavodoxin / heme acquisition chaperone / HmuF homolog | ||||||
Function / homology | Flavodoxin domain / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / FMN binding / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Flavodoxin Function and homology information | ||||||
Biological species | Fusobacterium nucleatum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Chan, A.C. / Wolthers, K.R. / Murphy, M.E. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: A new member of the flavodoxin superfamily from Fusobacterium nucleatum that functions in heme trafficking and reduction of anaerobilin. Authors: McGregor, A.K. / Chan, A.C.K. / Schroeder, M.D. / Do, L.T.M. / Saini, G. / Murphy, M.E.P. / Wolthers, K.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8g64.cif.gz | 125.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8g64.ent.gz | 96.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8g64.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8g64_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8g64_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 8g64_validation.xml.gz | 11.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8g64_validation.cif.gz | 17.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/8g64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/8g64 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19599.596 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fusobacterium nucleatum (bacteria) / Gene: FN1822 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): pLysS / References: UniProt: Q8RI14 |
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#2: Chemical | ChemComp-FMN / |
#3: Chemical | ChemComp-HEM / |
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 62.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 2 M ammonium sulphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 0.99184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 5, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→37.86 Å / Num. obs: 66287 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 9.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 18.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→37.86 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→37.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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