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- PDB-8g62: Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with remodilin NCGC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g62
タイトルPapain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with remodilin NCGC 390004
要素Non-structural protein 3
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / COVID-19 / coronavirus / SARS / COV-2 / papain-like protease / IDP51000 / IDP52003 / remodilin / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. ...Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / : / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-YOO / Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Tesar, C. / Endres, M. / Jedrzejczak, R. / Luci, D. / Kales, S. / Simeonov, A. / Rai, G. / Drayman, N. / Tay, S. ...Osipiuk, J. / Tesar, C. / Endres, M. / Jedrzejczak, R. / Luci, D. / Kales, S. / Simeonov, A. / Rai, G. / Drayman, N. / Tay, S. / Oakes, S. / Rosner, M. / Chen, B. / Dulin, N. / Solway, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with remodilin NCGC 390004
著者: Osipiuk, J. / Tesar, C. / Endres, M. / Jedrzejczak, R. / Luci, D. / Kales, S. / Simeonov, A. / Rai, G. / Drayman, N. / Tay, S. / Oakes, S. / Rosner, M. / Chen, B. / Dulin, N. / Solway, J. / ...著者: Osipiuk, J. / Tesar, C. / Endres, M. / Jedrzejczak, R. / Luci, D. / Kales, S. / Simeonov, A. / Rai, G. / Drayman, N. / Tay, S. / Oakes, S. / Rosner, M. / Chen, B. / Dulin, N. / Solway, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
履歴
登録2023年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3
B: Non-structural protein 3
C: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,38626
ポリマ－107,8313
非ポリマー3,55523
水4,756264
1
A: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,65311
ポリマ－35,9441
非ポリマー1,70910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6798
ポリマ－35,9441
非ポリマー7357
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0547
ポリマ－35,9441
非ポリマー1,1116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.020, 170.020, 97.588
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-665-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Non-structural protein 3 / nsp3 / PL2-PRO / Papain-like protease / Papain-like proteinase / PL-PRO


分子量: 35943.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Three N-terminal residues (SNA) are expression tag
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0DTC1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase

-
非ポリマー , 6種, 287分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-YOO / 3-methoxy-5-(1-methylpiperidin-4-yl)-N-[4-(pyrrolidine-1-sulfonyl)phenyl]benzamide


分子量: 457.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31N3O4S
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis_tris propane, pH 7.0, 2.8 M sodium acetate, 0.1 M glycine, 4 mM ligand

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→49.06 Å / Num. obs: 75825 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 0.058 / Net I/av σ(I): 22.9 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 1.979 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 3718 / CC1/2: 0.507 / CC star: 0.82 / Χ2: 0.907 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 10.469 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21445 3793 5 %RANDOM
Rwork0.17962 ---
obs0.18134 71961 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.17→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7463 0 227 264 7954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0138050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.70410969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2741.62117110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2675974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.83623.879379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.231151327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6731523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9574.2183803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9554.2163801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8786.324750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8786.3214751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6484.6914247
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6484.6914248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1966.9056202
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.11648.8578592
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.10548.728561
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.227 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 301 -
Rwork0.293 5214 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2784-0.03030.66560.5224-0.13671.1401-0.0621-0.0164-0.05270.05590.03050.004-0.03090.08080.03170.11950.03730.01140.0854-0.00280.0111-57.5149-10.2319-8.3709
20.8095-0.1645-0.15781.4127-0.63771.57620.00850.1019-0.0119-0.06320.0737-0.03910.02870.1215-0.08220.09270.02430.01280.1873-0.04010.0158-41.1103-22.6547-32.2483
31.6055-0.9950.361.7216-0.2140.69140.02170.06550.13260.1011-0.0702-0.1821-0.09160.08180.04850.1355-0.0590.01590.09320.02070.0356-31.0033.7605-18.4718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 509
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 314
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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