PDB-8g5t: Crystal structure of apo TnmK2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g5t

タイトル

Crystal structure of apo TnmK2

要素

TnmK2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Biosynthesis / Natural Product / Tiancimycin / Enediyne

機能・相同性

Peptidase S33 tripeptidyl aminopeptidase-like, C-terminal / TAP-like protein / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Secreted hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.846 Å

データ登録者

Liu, Y.-C. / Gui, C. / Shen, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Cofactorless oxygenases guide anthraquinone-fused enediyne biosynthesis.
著者: Gui, C. / Kalkreuter, E. / Liu, Y.C. / Li, G. / Steele, A.D. / Yang, D. / Chang, C. / Shen, B.

履歴

登録	2023年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g5t.cif.gz	710 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g5t.ent.gz	595.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8g5t_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8g5t_full_validation.pdf.gz	483.9 KB	表示
XML形式データ	8g5t_validation.xml.gz	81.6 KB	表示
CIF形式データ	8g5t_validation.cif.gz	118.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8g5sC 8g5uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: TnmK2

B: TnmK2

C: TnmK2

D: TnmK2

214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TnmK2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TnmK2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TnmK2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: TnmK2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.123, 134.123, 356.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-949- HOH
2	1	A-955- HOH
3	1	A-972- HOH
4	1	A-973- HOH
5	1	A-974- HOH
6	1	B-956- HOH
7	1	B-958- HOH

#1: タンパク質	TnmK2 分子量: 53578.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア) 遺伝子: tnmK2, AMK26_32040 / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A125SA15
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole/HCl, pH 8.0, 20% w/v PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.846→30 Å / Num. obs: 197921 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 30.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 10218 / CC_1/2: 0.714

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2689: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.846→29.681 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	10149	5.13 %
R_work	0.2259	-	-
obs	0.2272	197921	96.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.846→29.681 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14860	0	0	1437	16297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	15248
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.844	20820
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.258	9056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2784

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8463-1.8673	0.3317	288	0.2947	4439	X-RAY DIFFRACTION	69
1.8673-1.8893	0.3192	247	0.2761	4913	X-RAY DIFFRACTION	75
1.8893-1.9123	0.3191	298	0.2929	5184	X-RAY DIFFRACTION	81
1.9123-1.9365	0.3124	314	0.287	5475	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9365-1.962	0.3113	310	0.2773	5850	X-RAY DIFFRACTION	90
1.962-1.9888	0.3105	366	0.2641	6258	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9888-2.0172	0.2866	355	0.2725	6374	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0172-2.0473	0.3346	268	0.2723	6624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0473-2.0793	0.2936	349	0.2491	6485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0793-2.1134	0.2861	316	0.247	6538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1134-2.1498	0.2566	386	0.2537	6475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1498-2.1889	0.2737	393	0.2552	6398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1889-2.231	0.2832	363	0.2549	6480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.231-2.2765	0.2629	316	0.2335	6578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2765-2.326	0.2732	333	0.2401	6439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.326-2.3801	0.255	320	0.2411	6517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3801-2.4396	0.2845	414	0.2462	6470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4396-2.5055	0.273	378	0.2347	6374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5055-2.5792	0.2476	387	0.2261	6502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5792-2.6624	0.2695	354	0.2338	6488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6624-2.7575	0.2777	378	0.2317	6429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7575-2.8678	0.2596	396	0.2251	6436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8678-2.9982	0.2546	338	0.2281	6536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9982-3.1561	0.2716	299	0.223	6514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1561-3.3536	0.2377	263	0.2111	6557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3536-3.6121	0.2469	366	0.216	6475	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6121-3.9749	0.2004	330	0.2001	6500	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9749-4.5483	0.2065	334	0.1863	6518	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5483-5.7236	0.2007	397	0.1873	6433	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7236-29.681	0.2144	293	0.1973	6513	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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