PDB-8g52: Crystal structure of a bacterial TPAT family transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g52

タイトル

Crystal structure of a bacterial TPAT family transporter

要素

TPR_REGION domain-containing protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / TPAT family / lipid / transport

機能・相同性

TRAP transporter T-component / TRAP transporter T-component superfamily / TRAP transporter T-component / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / PALMITIC ACID / Lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Enhygromyxa salina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Dassama, L.M.K. / Zhai, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Structures and Mechanisms of a Novel Bacterial Transport System for Fatty Acids.
著者: Zhai, L. / Chou, J.C. / Oo, H. / Dassama, L.M.K.

履歴

登録	2023年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g52.cif.gz	392.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g52.ent.gz	270 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8g52_validation.pdf.gz	737 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8g52_full_validation.pdf.gz	740.8 KB	表示
XML形式データ	8g52_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	8g52_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g52	HTTPS FTP

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関連構造データ

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ロドプシン (Rhodopsin)
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類似性 (1)
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光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TPR_REGION domain-containing protein

B: TPR_REGION domain-containing protein

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TPR_REGION domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TPR_REGION domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.695, 85.409, 73.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	TPR_REGION domain-containing protein 分子量: 36013.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enhygromyxa salina (バクテリア) / 遺伝子: DB30_07757 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C2DGE5
#2: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30 % (w/v) PEG 3000, 0.1 M Tris: HCl, pH 7,0.2 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→38.19 Å / Num. obs: 42298 / % possible obs: 98.11 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 32.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.43
反射シェル	解像度: 1.88→1.947 Å / Num. unique obs: 4283 / CC_1/2: 0.797

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→38.19 Å / SU ML: 0.2197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.9339
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	2115	5 %
R_work	0.1827	40183	-
obs	0.1846	42298	98.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→38.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4306	0	36	206	4548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	4444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	6010
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0394	628
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0091	780
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.4605	634

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.92	0.3418	137	0.3065	2601	X-RAY DIFFRACTION	97.23
1.92-1.97	0.2849	142	0.2634	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.43
1.97-2.02	0.3029	142	0.2533	2693	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.02-2.08	0.3067	138	0.2448	2637	X-RAY DIFFRACTION	96.42
2.08-2.15	0.2818	141	0.214	2657	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.15-2.23	0.2618	142	0.2076	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.23-2.32	0.249	141	0.2	2684	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.32-2.42	0.2273	138	0.1916	2642	X-RAY DIFFRACTION	97.68
2.42-2.55	0.2498	141	0.1972	2675	X-RAY DIFFRACTION	97.3
2.55-2.71	0.2384	141	0.1941	2675	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.71-2.92	0.2453	142	0.1965	2700	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.92-3.21	0.231	142	0.201	2689	X-RAY DIFFRACTION	97.62
3.21-3.68	0.2298	142	0.1785	2703	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.68-4.63	0.1823	143	0.1427	2713	X-RAY DIFFRACTION	98.31
4.63-38.19	0.175	143	0.1547	2728	X-RAY DIFFRACTION	97.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.19821913315	0.899667751076	5.7355073203	9.12732343926	1.24781428201	9.69089362112	0.115060356982	1.67142548567	-0.172522983214	-0.998640069291	0.376514264561	0.201237021673	0.150272471177	-0.0499436976559	-0.517444363927	0.520985996471	0.0394233060052	0.00623636380603	0.75830503056	0.0768405794239	0.306579415385	18.7796378116	7.12304249657	6.64193389775
2	4.22076994581	2.31694947601	0.414096843964	5.08518909342	1.12541609282	4.22993170323	-0.0807900042358	0.641968271908	0.409657189137	-0.446525058115	-0.073189899864	0.66552225201	-0.475996284803	-0.905859246975	0.0978703192398	0.371104227591	0.0861787909323	-0.0302525563541	0.557206096585	0.0540178125002	0.282199006315	11.4475182538	6.50132827952	14.8460884457
3	2.67659310956	-0.883515171974	-0.221257450061	5.25386652738	2.01644481992	6.64553893456	-0.0208434774101	0.243465951141	-0.0264868268553	-0.109966055537	-0.0155807175716	0.211632718747	-0.180662967701	-0.685888982844	0.0706920345271	0.20885520144	0.0252475641587	-0.0315762783928	0.332512210451	0.0553293903587	0.191212701902	13.3748762796	2.39757954656	22.926115508
4	5.52946310033	-1.3304213145	-1.63505911412	1.72168322293	-1.97311369191	4.49204723542	0.112693081782	0.752075047253	-1.67568372579	-1.40976424418	0.262722722462	0.446106174971	1.28726556238	-1.01621323119	-0.271704214853	1.02199149569	-0.1862105763	-0.179909671082	0.583934807813	-0.135603590101	0.63390996539	13.334632877	-18.4589102173	22.3263333039
5	2.50733631662	-1.0487705698	-0.497765105584	3.94795633155	-1.03355162442	5.60858537353	0.0082390954162	-0.0780996331598	-0.0575281396235	0.15225188343	0.107508898246	0.25054494093	0.344507196882	-0.391033871465	-0.0883985517399	0.206215556823	-0.045716166773	-0.027396872163	0.27331609995	0.00875954956327	0.225563920574	17.5012152118	-7.20427389233	31.3112529457
6	5.10854369905	0.197310376831	-1.88491072598	3.39574209089	-1.7233379991	7.64439515177	0.0346814816358	-0.517563789058	-0.248675228925	0.377409883529	-0.105932043568	-0.159406807667	0.117284265081	0.232419561247	0.12773824287	0.232051410441	0.0288836477764	-0.0413184326913	0.234546761385	0.0368045929865	0.22624006239	25.7772985508	-5.37052394883	39.5485731352
7	4.61066535736	0.00554912868406	-2.14655492995	4.04196140734	-0.190603861379	3.37080354506	0.0745347631186	-0.340041992738	0.295303627409	0.609190732425	0.0011479416833	-0.282882016386	-0.285463504119	0.0880720743176	-0.0480541026371	0.414720232908	-0.0174634252553	-0.106612146481	0.317114999919	-0.0258073510658	0.338175532336	29.2095868927	7.81048232099	41.6862929621
8	2.77436756691	-0.0285977157338	-1.32517283105	3.31494327387	2.50178782833	8.86371372887	0.124127571766	-0.105295543973	0.250249327585	0.217688980149	-0.199186061964	0.00575698438757	-0.714772341011	-0.283326471194	0.13463244049	0.438244595677	0.0326564161215	-0.0526177097486	0.264131744875	0.000362451174757	0.333813204446	23.0016603046	13.2607786146	38.5441695879
9	6.10006103886	1.20902626235	-4.17425531553	4.18839437889	-3.55049819311	6.21551052967	-0.675991418132	1.63161965205	-0.1277357773	-0.943882778132	0.60558172906	0.00743748888206	1.09772828931	-1.06502402211	0.11581162025	1.01656788554	-0.332974194163	0.0904371559939	0.648487529688	-0.172699212777	0.483711353554	2.99315883228	23.9959925782	-14.3606518559
10	5.04413764804	1.64348468497	-1.67724638814	5.15826606644	-2.93166760516	3.61112263872	-0.501864971751	0.280131547441	-0.548599128963	-0.25605408465	-0.143151723216	-0.0403029348689	1.12032126497	0.309412180331	0.572325214192	0.644216436974	-0.00622941402378	0.161020855699	0.368958568499	-0.0630552054654	0.281998174674	10.37148639	25.1737016759	-6.2909786001
11	5.02791313637	-0.0708378218202	-1.15759128289	4.7726481053	-1.04655882669	4.12249465042	-0.395466269229	-0.0213669664391	-0.210448948733	0.161773320004	0.0411656984712	0.0345990815016	0.716680333433	0.148545970651	0.253346911878	0.370865576319	0.0320760213428	0.0883823079885	0.189920987327	0.00531790881088	0.207086171754	8.29897643716	29.9872278972	1.53354562939
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16	3.56179833015	-1.69912656501	-2.40713823645	4.28779523602	-0.959551714981	2.89558346161	-1.15812927402	-0.36951634956	-0.538168488553	1.39757055491	0.215311780777	-0.146055065048	0.837420041351	0.143681692215	0.865355054357	1.16868122649	-0.0123887774729	0.259564718336	0.416460098623	0.0484993747611	0.606828575713	-1.44513626166	20.9046307795	17.9810074276

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 43 through 61 )	A	A	43 - 61	1 - 19
2	2	chain 'A' and (resid 62 through 100 )	A	A	62 - 100	20 - 58
3	3	chain 'A' and (resid 101 through 147 )	A	A	101 - 147	59 - 105
4	4	chain 'A' and (resid 148 through 169 )	A	A	148 - 169	106 - 127
5	5	chain 'A' and (resid 170 through 215 )	A	A	170 - 215	128 - 173
6	6	chain 'A' and (resid 216 through 253 )	A	A	216 - 253	174 - 211
7	7	chain 'A' and (resid 254 through 294 )	A	A	254 - 294	212 - 252
8	8	chain 'A' and (resid 295 through 321 )	A	A	295 - 321	253 - 279
9	9	chain 'B' and (resid 43 through 61 )	B	C	43 - 61	1 - 19
10	10	chain 'B' and (resid 62 through 100 )	B	C	62 - 100	20 - 58
11	11	chain 'B' and (resid 101 through 147 )	B	C	101 - 147	59 - 105
12	12	chain 'B' and (resid 148 through 169 )	B	C	148 - 169	106 - 127
13	13	chain 'B' and (resid 170 through 215 )	B	C	170 - 215	128 - 173
14	14	chain 'B' and (resid 216 through 253 )	B	C	216 - 253	174 - 211
15	15	chain 'B' and (resid 254 through 294 )	B	C	254 - 294	212 - 252
16	16	chain 'B' and (resid 295 through 321 )	B	C	295 - 321	253 - 279

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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