+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g52 | ||||||
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Title | Crystal structure of a bacterial TPAT family transporter | ||||||
Components | TPR_REGION domain-containing protein | ||||||
Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / TPAT family / lipid / transport | ||||||
Function / homology | TRAP transporter T-component / TRAP transporter T-component superfamily / TRAP transporter T-component / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / PALMITIC ACID / Lipoprotein Function and homology information | ||||||
Biological species | Enhygromyxa salina (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Dassama, L.M.K. / Zhai, L. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2023 Title: Structures and Mechanisms of a Novel Bacterial Transport System for Fatty Acids. Authors: Zhai, L. / Chou, J.C. / Oo, H. / Dassama, L.M.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8g52.cif.gz | 392.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8g52.ent.gz | 270 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8g52.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8g52_validation.pdf.gz | 737 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8g52_full_validation.pdf.gz | 740.8 KB | Display | |
Data in XML | 8g52_validation.xml.gz | 23.4 KB | Display | |
Data in CIF | 8g52_validation.cif.gz | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g52 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8g53C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36013.410 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enhygromyxa salina (bacteria) / Gene: DB30_07757 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0C2DGE5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 30 % (w/v) PEG 3000, 0.1 M Tris: HCl, pH 7,0.2 M sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→38.19 Å / Num. obs: 42298 / % possible obs: 98.11 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 32.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.43 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.947 Å / Num. unique obs: 4283 / CC1/2: 0.797 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.88→38.19 Å / SU ML: 0.2197 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.9339 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→38.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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