PDB-8g4j: Crystal structure of Cavia porcellus (guinea pig) importin-alpha ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g4j

タイトル

Crystal structure of Cavia porcellus (guinea pig) importin-alpha 1 in cargo-free state

要素

Importin subunit alpha

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / importin-alpha1 / cargo-free / nuclear transport

機能・相同性

機能・相同性情報

entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / positive regulation of type I interferon production / histone deacetylase binding / host cell / nuclear membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cavia porcellus (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Hawker, J.E. / Roby, J.A. / Stewart, M. / Forwood, J.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cavia porcellus (guinea pig) importin-alpha 1 in cargo-free state
著者: Hawker, J.E. / Roby, J.A. / Stewart, M. / Forwood, J.K.

履歴

登録	2023年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2023年2月22日	ID: 7S1E
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g4j.cif.gz	474.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g4j.ent.gz	402.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/8g4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/8g4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (11) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Importin subunit alpha

B: Importin subunit alpha

91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Importin subunit alpha

ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Importin subunit alpha

ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.169, 184.169, 57.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Importin subunit alpha 分子量: 45963.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / 遺伝子: Kpna2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLYS / 参照: UniProt: H0VVB1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MgCl2.6H2O; 0.1 M Na+ HEPES; 15%(w/v); pH 7.0; PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→29.41 Å / Num. obs: 41876 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.44 Å / R_merge(I) obs: 1.296 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 41860 / CC_1/2: 0.78 / R_pim(I) all: 0.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→19.98 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2354	2119	5.07 %
R_work	0.2148	-	-
obs	0.216	41800	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6452	0	0	50	6502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.569	9000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.061	2406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1096
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1148

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.4	0.3781	120	0.3298	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.46	0.2785	154	0.302	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.53	0.3377	133	0.2962	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.61	0.3487	123	0.2779	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.69	0.2949	118	0.2705	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.79	0.2687	162	0.2724	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.9	0.2841	149	0.2642	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.03	0.2789	127	0.2716	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.19	0.2969	143	0.263	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.39	0.3347	153	0.2635	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.65	0.2833	143	0.2462	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-4.01	0.1976	144	0.1946	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.58	0.2016	156	0.1755	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.75	0.2303	145	0.1888	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
5.75-19.98	0.1814	149	0.1771	2849	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9421	-0.7139	-0.8458	1.7656	1.9983	2.995	0.0246	0.1274	-0.4829	0.0642	-0.1027	0.1435	-0.0896	0.1931	0.0001	0.6504	-0.0933	-0.0548	0.5853	0.0648	0.6041	52.0695	21.0629	8.8969
2	0.3387	-0.1026	0.5155	2.4239	-1.1527	0.3518	0.0009	-0.0484	0.2163	-0.191	-0.1505	0.1932	0.1369	-0.0457	-0.0001	0.7008	-0.0685	0.0481	0.4952	-0.0121	0.5144	41.9916	54.4719	12.6216
3	0.8405	0.8472	0.589	1.0668	-0.0284	1.5157	-0.283	0.1463	0.5636	-0.026	-0.0354	0.7051	0.0539	-0.2154	-0	0.7107	-0.0852	-0.1679	0.5602	0.0448	0.7951	30.0156	73.2319	-1.6101
4	0.4765	-0.4577	-0.108	0.9881	-0.6688	0.7634	-0.4715	-0.0511	0.9326	-1.061	0.0749	0.4362	-1.6296	0.05	-0.0006	1.1931	-0.0882	-0.3675	0.7993	0.1477	1.0299	23.3581	78.6179	-11.9932
5	1.6638	-0.1791	0.4661	1.6337	-0.5935	3.6005	-0.1068	-0.0438	0.071	0.1055	-0.3412	-0.3743	0.22	0.4488	-0.0025	0.5297	0.0409	0.1428	0.6307	0.1068	0.67	98.5705	68.0511	29.3199
6	3.7616	-0.9118	0.6113	1.4283	-0.8506	2.2014	0.0284	-0.2522	0.305	-0.1325	0.0021	0.1832	0.1662	0.0567	0.0007	0.4981	0.0244	-0.0301	0.3715	-0.0644	0.385	58.2474	82.6536	15.324

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 76 through 222 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 223 through 390 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 391 through 454 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 455 through 497 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 75 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 246 through 497 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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