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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g49 | ||||||
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タイトル | FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E, Oxadiazolone compound 3 bound | ||||||
![]() | Fluorophosphonate-binding serine hydrolase E | ||||||
![]() | HYDROLASE / FphE / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase / covalent / oxadiazolone / oxadiazole | ||||||
機能・相同性 | 加水分解酵素 / serine hydrolase activity / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / : / Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fellner, M. / Bakker, A.T. / Martin, N.I. / Stelt, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E, Oxadiazolone compound 3 bound 著者: Fellner, M. / Bakker, A.T. / Martin, N.I. / Stelt, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 141.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 810.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 810.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31275.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAUSA300_2518 / プラスミド: F1010 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-YKF / 分子量: 419.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 65uL 16.3 mg/ml FphE (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 7.5uL compound3 (10mM in DMSO) and incubated at 4C overnight. 0.15 ul FphE-compound3 solution was mixed with 0.3 ul of ...詳細: 65uL 16.3 mg/ml FphE (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 7.5uL compound3 (10mM in DMSO) and incubated at 4C overnight. 0.15 ul FphE-compound3 solution was mixed with 0.3 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 ul of 160mM potassium thiocyanate, 180mM Tris pH 8.5, 20% PEG 2000 MME. Crystal appeared within 2.5 days at 16C. It was frozen in a solution of ~25% Ethylene glycol, 75% reservoir. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→43.67 Å / Num. obs: 37428 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 505683 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.281 / Num. measured all: 12794 / Num. unique obs: 1700 / CC1/2: 0.581 / Rpim(I) all: 0.485 / Rrim(I) all: 1.373 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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