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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g48 | ||||||
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タイトル | FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E, dimeric apo form | ||||||
![]() | Fluorophosphonate-binding serine hydrolase E | ||||||
![]() | HYDROLASE / FphE / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase | ||||||
機能・相同性 | 加水分解酵素 / serine hydrolase activity / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fellner, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E, dimeric apo form 著者: Fellner, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31275.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAUSA300_2518 / プラスミド: F1010 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.3 ul 1.9 mg/ml FphE (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.3 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 ul of 200mM Magnesium chloride hexahydrate, 100mM Tris ...詳細: 0.3 ul 1.9 mg/ml FphE (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.3 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 ul of 200mM Magnesium chloride hexahydrate, 100mM Tris pH 8.5, 25% PEG 2000 MME. Crystal appeared within ~30 days at 16C. It was frozen in a solution of ~25% glycerol, 75% reservoir. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→41.94 Å / Num. obs: 20746 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 126180 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.802 / Num. measured all: 8309 / Num. unique obs: 1384 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.352 / Rrim(I) all: 0.878 / Χ2: 0.77 / Net I/σ(I) obs: 2.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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