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- PDB-8g3x: MBP-Mcl1 in complex with ligand 32 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g3x
タイトルMBP-Mcl1 in complex with ligand 32
要素Maltodextrin-binding protein, Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 chimera
キーワードAPOPTOSIS / Myeloid cell leukemia 1 / Mcl-1 / B-cell lymphoma 2 / Bcl-2 / BH3 mimetic / Protein-protein interaction / Modulator / Cancer / Leukemia / Myeloma / Lymphoma / Physicochemical properties / ADME properties / Cardiotoxicity / Therapeutic window
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity ...cell envelope / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-YLF / Maltodextrin-binding protein / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia sp. FS14 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Miller, B.R. / Shaffer, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of an Oral, Beyond-Rule-of-Five Mcl-1 Protein-Protein Interaction Modulator with the Potential of Treating Hematological Malignancies.
著者: Romanov-Michailidis, F. / Hsiao, C.C. / Urner, L.M. / Jerhaoui, S. / Surkyn, M. / Miller, B. / Vos, A. / Dominguez Blanco, M. / Bueters, R. / Vinken, P. / Bekkers, M. / Walker, D. / Pietrak, ...著者: Romanov-Michailidis, F. / Hsiao, C.C. / Urner, L.M. / Jerhaoui, S. / Surkyn, M. / Miller, B. / Vos, A. / Dominguez Blanco, M. / Bueters, R. / Vinken, P. / Bekkers, M. / Walker, D. / Pietrak, B. / Eyckmans, W. / Dores-Sousa, J.L. / Joo Koo, S. / Lento, W. / Bauser, M. / Philippar, U. / Rombouts, F.J.R.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein, Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,19813
ポリマ－57,3111
非ポリマー1,88712
水10,034557
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer, Enzymatic activity assessed by a HTRF binding assay utilizing the Bim BH3 peptide as the binding partner for terbium-labeled Mcl-1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.400, 137.378, 38.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein, Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 chimera / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 57310.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia sp. FS14 (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: FS14 / 遺伝子: malE, JW3994, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: Q07820
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-YLF / N-[(1'S,3aS,5R,15S,17S,19Z,21R,21aR)-6'-chloro-20-fluoro-21-{[(5S,9aS)-hexahydropyrazino[2,1-c][1,4]oxazin-8(1H)-yl]methyl}-21-methoxy-17-methyl-13,15-dioxo-2,3,3',3a,4,4',13,16,17,18,21,21a-dodecahydro-2'H,6H,8H-15lambda~6~-spiro[10,12-(ethanediylidene)-15lambda~6~-furo[3,2-i][1,4]oxazepino[3,4-f][1,2,7]thiadiazacyclohexadecine-7,1'-naphthalen]-15-yl]-3-methoxy-1-methyl-1H-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 924.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H59ClFN7O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 20.5% (w/v) PEG3350, 0.11M Mg formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→80.53 Å / Num. obs: 92781 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.46→1.48 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4566 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.438 / Rrim(I) all: 1.304 / Rsym value: 1.226 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.1.015精密化
autoPROC1.1.7データ削減
PHASER7.1.015位相決定
Aimless0.7.7データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→80.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.807 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 4829 5.2 %RANDOM
Rwork0.18232 ---
obs0.18356 87951 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.337 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å2-0 Å20 Å2
2---1.55 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→80.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4042 0 127 557 4726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9826101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94339853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.03824.715193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17215.181772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6471520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3012.5762205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3012.5762204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.933.8632800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.933.8632801
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8692.8562272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8672.8562272
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.924.1783302
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.73822.9725781
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.46221.9775478
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.495 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 339 -
Rwork0.334 6374 -
obs--98.58 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.456 Å / Origin y: 54.931 Å / Origin z: -6.407 Å
111213212223313233
T0.0265 Å2-0.0038 Å2-0.0602 Å2-0.0336 Å20.0062 Å2--0.1658 Å2
L2.588 °21.0396 °2-1.6932 °2-4.652 °2-1.032 °2--4.1864 °2
S-0.0528 Å °-0.2567 Å °0.1894 Å °0.2386 Å °-0.1871 Å °-0.307 Å °-0.0567 Å °0.3153 Å °0.2399 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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