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- PDB-8g3v: N2 neuraminidase of A/Hong_Kong/2671/2019 in complex with 4 FNI19... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g3v
タイトルN2 neuraminidase of A/Hong_Kong/2671/2019 in complex with 4 FNI19 Fab molecules
要素
  • FNI19 Fab heavy chain
  • FNI19 Fab light chain
  • Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral glycoprotein / antibody / Fab / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dang, H.V. / Snell, G.
資金援助1件
組織認可番号
Other private
引用ジャーナル: Nature / : 2023
タイトル: A pan-influenza antibody inhibiting neuraminidase via receptor mimicry.
著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant ...著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant Vyas / Alex Chen / Elena Ferri / Barbara Guarino / Abigail E Powell / Roberto Spreafico / Samantha S Yim / Dale R Balce / Istvan Bartha / Marcel Meury / Tristan I Croll / David M Belnap / Michael A Schmid / William Timothy Schaiff / Jessica L Miller / Elisabetta Cameroni / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Laura E Rosen / Lisa A Purcell / Antonio Lanzavecchia / Gyorgy Snell / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto /
要旨: Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies ...Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies predominantly to the highly variable head region of haemagglutinin and their effectiveness is limited by viral drift and suboptimal immune responses. Here we describe a neuraminidase-targeting monoclonal antibody, FNI9, that potently inhibits the enzymatic activity of all group 1 and group 2 IAVs, as well as Victoria/2/87-like, Yamagata/16/88-like and ancestral IBVs. FNI9 broadly neutralizes seasonal IAVs and IBVs, including the immune-evading H3N2 strains bearing an N-glycan at position 245, and shows synergistic activity when combined with anti-haemagglutinin stem-directed antibodies. Structural analysis reveals that D107 in the FNI9 heavy chain complementarity-determinant region 3 mimics the interaction of the sialic acid carboxyl group with the three highly conserved arginine residues (R118, R292 and R371) of the neuraminidase catalytic site. FNI9 demonstrates potent prophylactic activity against lethal IAV and IBV infections in mice. The unprecedented breadth and potency of the FNI9 monoclonal antibody supports its development for the prevention of influenza illness by seasonal and pandemic viruses.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / refine
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification ..._em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: Neuraminidase
A: FNI19 Fab heavy chain
L: FNI19 Fab light chain
H: Neuraminidase
B: FNI19 Fab heavy chain
M: FNI19 Fab light chain
I: Neuraminidase
C: FNI19 Fab heavy chain
N: FNI19 Fab light chain
J: Neuraminidase
D: FNI19 Fab heavy chain
O: FNI19 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)422,20537
ポリマ-411,25112
非ポリマー10,95425
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21H
12G
22I
13G
23J
14A
24B
15A
25C
16A
26D
17L
27M
18L
28N
19L
29O
110H
210I
111H
211J
112B
212C
113B
213D
114M
214N
115M
215O
116I
216J
117C
217D
118N
218O

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALATHRTHRGA82 - 469105 - 492
21ALAALATHRTHRHD82 - 469105 - 492
12ALAALATHRTHRGA82 - 469105 - 492
22ALAALATHRTHRIG82 - 469105 - 492
13ALAALATHRTHRGA82 - 469105 - 492
23ALAALATHRTHRJJ82 - 469105 - 492
14VALVALALAALAAB2 - 1292 - 129
24VALVALALAALABE2 - 1292 - 129
15VALVALALAALAAB2 - 1292 - 129
25VALVALALAALACH2 - 1292 - 129
16VALVALALAALAAB2 - 1292 - 129
26VALVALALAALADK2 - 1292 - 129
17GLUGLUARGARGLC1 - 1091 - 109
27GLUGLUARGARGMF1 - 1091 - 109
18GLUGLUARGARGLC1 - 1091 - 109
28GLUGLUARGARGNI1 - 1091 - 109
19GLUGLUARGARGLC1 - 1091 - 109
29GLUGLUARGARGOL1 - 1091 - 109
110ALAALATHRTHRHD82 - 469105 - 492
210ALAALATHRTHRIG82 - 469105 - 492
111ALAALATHRTHRHD82 - 469105 - 492
211ALAALATHRTHRJJ82 - 469105 - 492
112VALVALALAALABE2 - 1292 - 129
212VALVALALAALACH2 - 1292 - 129
113VALVALALAALABE2 - 1292 - 129
213VALVALALAALADK2 - 1292 - 129
114GLUGLUARGARGMF1 - 1091 - 109
214GLUGLUARGARGNI1 - 1091 - 109
115GLUGLUARGARGMF1 - 1091 - 109
215GLUGLUARGARGOL1 - 1091 - 109
116ALAALATHRTHRIG82 - 469105 - 492
216ALAALATHRTHRJJ82 - 469105 - 492
117VALVALALAALACH2 - 1292 - 129
217VALVALALAALADK2 - 1292 - 129
118GLUGLUARGARGNI1 - 1091 - 109
218GLUGLUARGARGOL1 - 1091 - 109

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
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15
16
17
18

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 ABCDLMNO

#2: 抗体
FNI19 Fab heavy chain


分子量: 24692.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体
FNI19 Fab light chain


分子量: 23549.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 GHIJ

#1: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 54570.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A/Hong_Kong/2671/2019
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A411D019
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
, 3種, 20分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 4 FNI19 Fabs in complex with tetrameric N2 NA protein from A/Hong_Kong/2671/2019 strain
タイプ: COMPLEX
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of FNI19 IgG1 antibody
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量: 0.42 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMTrisC4H11NO31
2150 mMsodium chlorideNaCl1
310 mMcalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm
撮影電子線照射量: 52.61 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 885566 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.2→2.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.813 / SU B: 4.425 / SU ML: 0.104 / ESU R: 0.185
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.35217 --
obs0.35217 436047 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 54.201 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 20045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.01320592
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01418431
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.671.69428080
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.4091.62442595
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.81252488
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg30.78321.7581024
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.101153148
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.71815136
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0890.22844
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0223072
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.024887
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it4.5065.4049988
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other4.5065.4029987
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it6.6528.11812464
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other6.6518.1212465
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it5.4326.02810604
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other5.4326.0310605
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other8.5428.8115617
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined12.24485334
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other12.24485335
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11G267580.01
12H267580.01
21G267720.01
22I267720.01
31G267660.02
32J267660.02
41A81760
42B81760
51A81700.02
52C81700.02
61A81740.02
62D81740.02
71L68140
72M68140
81L68100
82N68100
91L67960.02
92O67960.02
101H267780.01
102I267780.01
111H267480.02
112J267480.02
121B81700.02
122C81700.02
131B81720.02
132D81720.02
141M68080
142N68080
151M67940.02
152O67940.02
161I267860.01
162J267860.01
171C81740
172D81740
181N67960.02
182O67960.02
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.053 32375 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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