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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g3r | ||||||
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タイトル | N2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 with S245N S247T mutations in complex with one FNI17 Fab molecule | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / viral glycoprotein / antibody (抗体) / Fab / influenza (インフルエンザ) / virus (ウイルス) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Dang, H.V. / Snell, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: A pan-influenza antibody inhibiting neuraminidase via receptor mimicry. 著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant ...著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant Vyas / Alex Chen / Elena Ferri / Barbara Guarino / Abigail E Powell / Roberto Spreafico / Samantha S Yim / Dale R Balce / Istvan Bartha / Marcel Meury / Tristan I Croll / David M Belnap / Michael A Schmid / William Timothy Schaiff / Jessica L Miller / Elisabetta Cameroni / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Laura E Rosen / Lisa A Purcell / Antonio Lanzavecchia / Gyorgy Snell / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto / 要旨: Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies ...Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies predominantly to the highly variable head region of haemagglutinin and their effectiveness is limited by viral drift and suboptimal immune responses. Here we describe a neuraminidase-targeting monoclonal antibody, FNI9, that potently inhibits the enzymatic activity of all group 1 and group 2 IAVs, as well as Victoria/2/87-like, Yamagata/16/88-like and ancestral IBVs. FNI9 broadly neutralizes seasonal IAVs and IBVs, including the immune-evading H3N2 strains bearing an N-glycan at position 245, and shows synergistic activity when combined with anti-haemagglutinin stem-directed antibodies. Structural analysis reveals that D107 in the FNI9 heavy chain complementarity-determinant region 3 mimics the interaction of the sialic acid carboxyl group with the three highly conserved arginine residues (R118, R292 and R371) of the neuraminidase catalytic site. FNI9 demonstrates potent prophylactic activity against lethal IAV and IBV infections in mice. The unprecedented breadth and potency of the FNI9 monoclonal antibody supports its development for the prevention of influenza illness by seasonal and pandemic viruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g3r.cif.gz | 384.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g3r.ent.gz | 312.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g3r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/8g3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/8g3r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 29709MC 8g30C 8g3mC 8g3nC 8g3oC 8g3pC 8g3qC 8g3vC 8g3zC 8g40C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 82 - 469 / Label seq-ID: 105 - 492
NCSアンサンブル:
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-要素
-抗体 , 2種, 2分子 BC
#2: 抗体 | 分子量: 23479.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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#3: 抗体 | 分子量: 24580.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 EGFH
#1: タンパク質 | 分子量: 54611.969 Da / 分子数: 4 / 変異: S245N, S247T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A/Tanzania/205/2010 H3N2 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9SNF2 #7: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-糖 , 3種, 28分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: One FNI17 Fab in complex with tetrameric N2 NA protein from A/Tanzania/2010 strain with S245N S247T mutations タイプ: COMPLEX 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of FNI17 IgG1 antibody Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.42 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.0 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53.81 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 528681 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.3→180.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.84 / SU B: 5.468 / SU ML: 0.12 / ESU R: 0.178 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.646 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 16432 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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